一、 總統府「國務機要費」意旨即為「國家元首行使機密重要政務之費用」，以發票掩飾機密政務之支出，符合該費用使用規定，絕無違法。
近日來，媒體及社會大眾因為陳水扁及吳淑珍使用發票核銷國務機要費，吵的沸沸揚揚，蔡啟芳嚴正呼籲社會大眾務必正確解讀「國務機要費」的意義，不要隨在野國民黨錯誤的論調起舞，否則只會使台灣社會更亂。
國務機要費之意義為：「國家元首行使機密重要政務時之支出費用」，國家元首為了推動國家政務，所使用的花費均可以動用該筆國務機要費；為了保持政務機密性，在會計制度下只能以發票核銷費用，陳水扁與吳淑珍用其他發票掩飾機密政務支出，完全符合該國務機要費使用意旨，何來違法之說？
立法委員蔡啟芳保證，阿扁與阿珍的行為絕對無罪，若被判有罪，蔡啟芳願意退出政壇。
二、 「國務機要費」之預算編列，在外交部、國安局、軍情局等單位均有機密預算在運作，若要調查核銷費用之發票來源，國家機密政務如何推動？
國務機要費的預算，不只在總統府，許多政府的重要機關均有編列，例如：外交部、國安局、軍情局等，均有機密預算的運作；從過去國民黨時代開始，為了保障國家安全並且推動國務，機要費用在許多機密重要事件，也均有不實之發票或虛偽之領據核銷報帳，以保護機密政務的運作。國民黨為了攻擊陳水扁與吳淑珍，錯誤解讀國務機要費，是不是連帶要將所有政府單位的發票都拿出來查？依此邏輯，使用國務機要費的官員，也都符合偽造文書罪？國民黨完全錯誤的邏輯，無非只是想造成社會動盪以及對立情勢升高。
陳水扁與吳淑珍就國務機要費一事，符合費用使用規則與意旨，絕無違法情事，蔡啟芳在此提出說明。且讓司法持平的去審議這些疑雲，泛藍的打手們就此停住這些荒謬的行徑；使台灣就此回歸民主，法治的層面運轉，紛紛擾擾，就此打住。
