明年度總預算案歲入為一兆六千三百零六億元，較九十九年度增加八百二十六億元，成長五．三％。歲出一兆七千八百九十六億元，較九十九年度增加七百四十六億元，成長四．四％。
依歲出政事別區分，教育科學文化支出三千五百七十三億元，占總預算二十％最多；社會福利支出三千四百六十九億元，占十九．四％居次；國防支出二千八百七十二億元，占十六％居第三位；經濟發展支出二千二百五十九億元，占十二．六％居第四位。
中央對地方政府一般性及專案補助款計列二千三百七十四億元，如連同中央統籌分配稅款與土地增值稅分成影響增加數，則地方整體財源較九十九年度增加六百一十五億元。
另外交部機密預算為廿四億三千餘萬元，較九十九年度減少近七億元，比率僅為八．三三％，首度跌破十％，是歷年最低。
立委翁金珠表示，民進黨執政八年共舉債一．三兆元，其中有七千七百八十八億元用來幫前朝（國民黨）的舉債還利息，九百三十二億元是糧食平準基金；換句話說，舉債金額僅五千一百八十六億元，馬政府執政才二年多，累積舉債就突破一．四兆元，誰是敗家子一望即知。
針對陸委會明年度將編列一億七千多萬元的宣傳預算，是九十八年度的五．六一倍，翁金珠質疑，ＥＣＦＡ都簽了，陸委會還要宣傳什麼？立委潘孟安認為，根本是為了要對人民洗腦。黃偉哲更批評，陸委會角色混淆，根本就是國民黨文傳會。
陸委會發言人劉德勳昨晚澄清，各項業務具多元性目的，不能單用「宣傳費用」概括；何況兩岸交流互動確實頻繁很多，相關預算編列只是有限度地反映兩岸事務現實，絕無浮濫亂編。
