我國當前的產業發展趨勢因著重高科技的產業創新而導致臺灣文化比重趨於弱化(重理工輕人文)、科技產業也面臨紅色供應鏈競合的壓力、加上政府財政拮据、科技人才斷層等不利因素的壓力步步進逼…，當前政府挑戰的關鍵無非就是要解決｢錢和人｣的問題，碧涵認為科技部並非只是承括中央各部會科技計畫的單位，而是作為臺灣科技發展的基底，成為科技預算和人才的平臺。
我國在2009年到2013年SCI論文篇數也保持在全球排名第16名，SCI論文平均每篇被引用的次數每年均呈趨勢成長，這顯示著我國學術能量是持續正向提升！然而科技部科發基金(國家科學技術發展基金)近幾年補助大專院校及學術研究機構｢專題研究計畫｣，平均每年度核定補助1萬5千多件，每年平均核定的金額約190億元，在執行實務上，碧涵在今(30)日向科技部提出二大質詢：
一、 近年來食安問題所引起的社會信心風暴，至今仍餘波盪
漾，科技部前身(國科會)在99年擇定以｢食品安全之微量分析與快速篩檢之跨領域研究｣為主題，陸續補助多年期整合型計畫，截至今(104)年7月底，累計核定補助6,760萬元，執行成果也有發表重要期刊論文61篇、研究報告42篇、養成團隊16隊、取得專利權4件、培養博碩士116人…，這樣的豐碩的績效卻沒有讓研究成果於第一時間轉銜相關部會作為技術移轉及服務等應用，真的非常可惜！碧涵認為食品安全科技計畫成效應有具體的呈現方式，將研究成果納入相關部會｢食品安全管理機制審查｣之重要參考，提供(甚至通報)部會研議訂定規範之依據標準，以強化政府投入科技跨域治理的成效。科技部長徐爵民表示此項建議確實應為科技部努力的方向，徐部長亦承諾將與衛福部、農委會等相關部會進行合作，讓研究及政策能夠合一。
二、 自99年度起辦理之｢私立大學院校發展研究專案計畫｣，
近五年(99-103)累計補助61所私校、179件研究計畫、核定經費16億4,439萬元(累計執行12億8,919萬)，去(103)年底累計執行率僅78.4%，碧涵也了解是因為研究計畫大都是多年期計畫賡續執行的因素所致，本項計畫整體綜合考評的結果為｢中等｣(以計畫執行成果、申請學校配合度、學校特色的轉型為考評基準)。 這項計畫執行了5年，國家雖財政困難但仍每年編列3億元(5年共約15億餘元)支持學術研究，而這項計畫的成果並未達成展現私立學校的研究發展特色！碧涵要求科技部對於學校申請研究計畫的資源配置應重新檢討，同時希望科技部的研究計畫應朝｢質量並進｣的目標來努力，碧涵亦建議科技部研議相關回饋機制。徐部長當場允諾改進。
