我國工業區的開發在世界各國的工業區開發與產業發展經驗中，堪稱為典範。加工出口區創造了開發中國家藉著廉價勞動力與保稅區的設置，爭取已開發國家之資金與技術，藉以建立自己的產業發展基礎之成功創舉。科學工業園區的發展，創造了開發中國家藉著優惠稅率與優良發展環境，由政府協助結合學術與研發單位共同努力，將產業有效轉型並建立自主技術的典範。而一般工業區的開發，也藉著法令設計與公營事業結合，創造未使用政府預算開發工業區土地，同時協助產業發展的先進 ＢＯＴ方式，還為政府賺取高達新台幣七四０億的固定及流動資產。這些都是我國各類型工業區開發與管理的寶貴經驗，實值鼓勵。
然加工出口區、科學工業園區、及一般工業區乃是因應各不同時空背景下所設立的，各有其獨特的時代需求、功能、及作用，提供不同型態產業發展需要及因應廠商之不同需求，而目前由於各類型工業區之主管機關、法源依據、廠商進駐條件皆有所不同，整合有如千頭萬緒，故遲遲未對該項議題之相關結論做進一步之討論。由於相關管理機構整合涉及我國未來面對兩岸及國際產業競爭的優勢建立，因此本研究乃由目前在不同工業區管理體制下所產生的問題著手，嘗試具體建議整合方式，以供未來相關法案審查時之參考。
目前工業區管理機構組織無法整合，產生許多問題，例如：競爭資源、各自為政、違反政府組織精簡目標、同工不同酬、差異化的服務品質形成不公平競爭、土地未有效利用、服務效率並不如想像的好等。若能加以整合，至少應可達成統籌事權、分工合作、有效利用資源、有效服務廠商、創造符合廠商需求的土地提供方式、建立工業區資訊系統、多樣化的土地使用、以及有效掌握廠商動態等目標，因此管理機構的整合有其必要性。但對於組織的變革，一定要有其目標與目的，因此本文先確認整合的原則有下列九項：不宜分散管理、不宜提昇層級、不宜擴大組織、不應增加管理成本、不應降低服務品質、提昇土地使用效率、提供優質產業環境、保障既有機構組織、廠商、與人員權益、以及宜有法制支持。
本研究經分析建議，工業區管理機構的整合程序與方式如次：首先應先行整合經濟部內加工出口區管理處與工業局工業區組及各服務中心（站），其次協調確立工業園區開發管理局最終的歸屬，有關此點，本研究認為仍宜由經濟部主管相關事宜較佳。同時也要訂定﹁工業園區設置管理條例﹂與﹁工業園區開發管理局組織條例﹂，建構合理組織體系，納入目前各類型工業區的開發管理功能。接著要將既有人員混合編組，擴大組織服務功能；同時檢討既有一般工業區的管理機能與各類型工業區服務功能，非必要者應予解編或將服務功能移出於專業機構。長期也應考慮工業區自給自足之民營化的機制。
本研究最後也建議，審議中的﹁台南科學工業園區管理局組織條例﹂宜整體考量適宜性再行審議，以免增加未來處理困難；同時長期應考量設置產業園區管理局，統籌建立產業用地資訊系統，並從事產業用地的政策規劃；最後長期能建立工業區民營化經營管理機制建立，並將工業區管理經驗輸出。
