本報告將在第二章分析健保財務的現況。第二章指出，全民健保由於屬於社會保險，其財務原則迥異於一般自由經濟之下的企業，因此，談健保財務，必須有不同的視野，並應事先釐清一些有關健保財務的概念。之後，在第二章中，將對健保財務在這幾年的演變、問題點的所在，做一個完整的說明，目的在於提供進一步分析的基礎。
第三章則就健保財務制度中的個別議題進行分析。涵蓋的議題包括：保費訂定的合理性；各類被保險人的負擔比例；投保金額的上下限差距問題；特殊人口群的免除保費的問題；政府補助與欠費的問題。由於健保財務已經發生嚴重的流動性危機，提高公務員投保薪資、拉大投保薪資的上下級距、追討地方政府的欠費等，都將在本會期之內成為重要的健保法修訂事項。
第四章則將分析健保賴以運作的醫療體系。醫療體系的健全與否，對健保的運作有決定性的影響。該章中將在簡介我國的醫療體系後，分析在健保實施之後，醫療體系所受到的衝擊，以及在醫療體系不盡健全之下，健保資源如何受到誤用與扭曲。在本章中，轉診是探討的主要事項之一，蓋因為現行健保法擬以差異性之部分負擔作為啟動轉診制度的支點，結果證明完全失敗。以致於不但沒有達成節制醫療費用的作用，反而成為資源浪費的原因之一。
第四章另一個探討的重點，在於是否適合開辦自費門診。本研究認為這牽涉到是否將改變我國健保藉由單一體制所建立的（至少在形式上）的公平精神，因此有必要深入分析。
第五章則檢討我國健保中給付制度如何影響到健保財務。本章以世界衛生組織所揭櫫的「新普遍主義」作為主要的參考點：在全民納保的前提下，儘可能擴充給付範圍；但，部分高科技醫療是否納入給付，應以是否具有成本效益為原則。
第六章則探討健保的「支出」，亦即健保的支付制度。主要的議題包括論病例計酬實施的經驗；總額預算的實施；以及所謂「藥價黑洞」的問題。其中，藉由總額預算的協商、訂定問題，提出建立一個旨在建立共同分攤健保財務缺口的機制。這應是健保財務長期健全的基礎。
第七章的重點，則在經過前面的探討之後，提出對兩年來行政院以及立法委員相關提案的檢討，以及本研究針對健保修法的逐條式的建議。
本研究除就個別健保財務的議題進行分析與探討之外，亦試圖藉由這個機會，勾勒出幾個與健保財務相關原則性議題，包括：應藉由財務責任制的設計，強調健保財務缺口共同分攤的機制；在健保實踐的過程中已經達成的「保險」與「福利」之間的平衡應勉力維持，否則健保的財務制度就必須在基礎上與執行上全盤改觀；為維持健保制度的活力，其所必須的實驗方案應給予充分試辦的空間等。
由於本研究的時間匆促，而必須探討的問題可說牽涉到健保的許多面向。因此，雖然在逐條式的修法建議中，已經極盡所能考慮所有可能影響到健保財務的議題，但在本文當中自然無法一一明細探討，以致於在整篇報告的結構上或有不盡平衡的感覺，但這是在儘可能在有限時間與篇幅之下，容納最多健保修法議題所致。希望日後能再加增補。
