民國八十六年七月憲法增修條文第三條第三項與第四項分別規定：「國家機關之職權、設立程序及總員額，得以法律為準則性之規定。」、「各機關之組織、編制及員額，應依前項法律，基於政策或業務需要決定之。」行政院爰據以研擬「中央政府機關組織基準法草案」及「中央政府機關總員額法草案」與考試院會銜，於八十七年五月一日函送本院審議，但因意見分歧，未能完成委員會審查，依當時「屆期不連續」規定，不予繼續審議。行政院復於八十八年五月二十五日提送相同法案到本院審議，雖經法制委員會審查完竣，惟仍無法進入院會二讀程序。依新修正「立法院職權行使法」之「屆期不連續」規定，仍予廢棄。八十九年五月二十日，我國首次發生政黨輪替，民進黨陳水扁先生擔任總統，繼續推動政府改造工程，該二法案乃於本（九十一）年五月十七日，再度函送本院審議，草案內容與國民黨執政時期所提版本大同小異，惟迄未付委。
由於該二法案歷經我國首次政黨輪替，執政黨與在野黨角色已易位，因此，對該二法案之問題提出客觀性探討，實有必要。本院法制局爰於本年六月二十六日上午邀請學者專家舉行座談會，針對關鍵性議題進行研討，並綜合學者專家意見，提出以下建議，供本院委員審查該二法案之參考：
一、在現行憲政體制下，該二法案之立法，並無絕對必要性與迫切性。
二、在現行憲政體制下，該二法案如要立法，宜謹守行政權與立法權之權力分際，否則難有進展。
三、該二法案如要立法，宜注意法制之調和，與中央法規標準法規定不符部分，應配合處理。
四、該二法案如要立法，適用範圍應以行政院或行政機關為限，不宜包括性質不同之立法院與司法院。
五、該二法案如要立法，應在行政院組織法修正案與精省組織法案全部定案後再行研究處理。
六、組織鬆綁程度問題，如要鬆綁機關層級（如三級機關以下、或四級機關以下組織以命令訂之），需視政黨在國會之勢力而定。在現行法制下，僅機關組織法中之員額與官職等部分有鬆綁空間。
七、總員額法應以控制行政機關員額成長或精簡員額為目標，不應預留員額成長空間，否則無制定之必要。
八、該二法案如要立法，內容不完備之處宜再檢討修正，故本院宜再召開公聽會，集思廣益。
