農業金融法於2004年1月實施，同年12月發生屏東新埤鄉農會及2006年嘉義大埔鄉兩起農會信用部因淨值已呈負數而由農委會命令合併並由金融重建基金處理。自農業金融法實施後，全國農業金庫對問題信用部積極輔導，但農業金融仍存在許多問題。據此，本專題研究報告將依農、漁會信用部目前經營情形檢視現行法令政策及執行現況，提出以下五大問題及建議：
1.我國存款保險費率較各國比較相對偏低，然若調高，農、漁會信用部恐無法負擔，進而影響存款人權益，因此建議中央存款保險公司應增加保險費率級距（現行三級距）。
2.信用部自行負擔萬分之五.五保險費率，其餘由政府編列預算補貼差額。
3.有關農、漁會信用部之退場機制，行政裁量空間大，容易造成監理寬容及延宕處理問題金融之時機。
4.多數信用部本身資產及其淨值提升能力薄弱，主管機關並未針對承受問題信用部之農、漁會訂定相關評量標準，易造成存續之農、漁會自身財務之困境，致配合合併意願不高，建議中央主管機關應對存續之農、漁會信用部訂定相關評量標準及獎勵措施。
5.依農業金融法中規定，農業金庫須設置獨立董事、獨立監察人，然其解任之規定規範於「全國農業金融獨立董事監察人及授信審議委員會應具備資格條件準則」，其位階似有過低，且無法涵蓋獨立董監事依公司法應予解任之情形，建議提升解任之法律位階，並參照證券交易法第14條之2等相關規定。
