民國91年3月，政府發布「獨立機關的建制理念與原則」，將中央銀行、行政院公平交易委員會、中央選舉委員會與行政院飛航安全委員會等既有機關，以及當時擬議籌設之行政院金融監督管理委員會、國家通訊傳播委員會等新機關列為「獨立機關」，並就獨立機關之設置條件、立法模式、組織型態、職權行使以及監督機制等，提出二十點建制原則。92年7月，政府立法通過「行政院金融監督管理委員會組織法」。93年6月，為配合中央機關組織再造，政府更立法通過「中央行政機關組織基準法」，以確立中央行政機關在組織設計上所應共同遵守之標準。同年7月1日，「行政院金融監督管理委員會」（簡稱「金管會」）正式掛牌運作。
金管會成立不久，即爆發該會應否同時擁有金融監理權與金融政策權之爭議。其後，又爆發該會前主委龔照勝因案交保拒絕辭職所引發獨立機關委員有否「任期保障」之爭議。此外，若按照前揭獨立機關建置原則，「獨立機關之首長，非為內閣之閣員，毋需參與內閣之政務運作及行政院院會」，因此主委不必參加行政院院會；「獨立機關所為決策不受行政院或其他機關之適當性及適法性監督」，因此行政院對獨立機關之決策無法干預。惟事實上，金管會主委仍定期參加行政院院會，主委與副主委經常至立法院備詢，金管會所為重大政策仍受行政院指導監督。諸如此纇，顯然未與前揭建制原則及基準法之規定完全吻合。此固因金管會組織法並非根據前揭建制原則而制定，且在時間上先於基準法而完成立法過程，以致在規範上產生落差所致。惟作為「獨立機關」之金管會，在基準法已立法通過並實施後，究應如何調整其組織與角色，確有深入探討之必要。
民國94年11月，政府通過「國家通訊傳播委員會組織法」，其中委員人選之出線及辭職風波，成為各方矚目焦點。國家通訊傳播委員會（簡稱「通傳會」或「NCC」）之成立，不僅對我通訊傳播產業之發展具一定影響力，且對我「獨立機關」之走向，深具指標性與示範性意義。95年7月25日，司法院大法官會議以「釋字第613號」針對行政院所提有關通傳會委員任命程序違憲疑義作出解釋。同年10月31日，行政院並根據該釋憲解釋發布命令修正先前所制訂之「獨立機關與行政院關係運作說明」。雖然各界對該釋憲內容仍存有不同意義的解讀，但對我國而言，「獨立機關」之本質與特色，至此總算有了某種程度的法理確定。
本專題研究報告，首先，簡單說明獨立機關之緣起及設置理由。其次，扼要介紹我國對於獨立機關之制度設計，包括訂定「獨立機關的建制理念與原則」及制定「中央行政機關組織基準法」，以探究建構獨立機關之指導原則與法制基礎。接著，概要叙述金管會之組織架構，以及該會自成立運作後所引發諸多不符建制理念之爭議。之後，詳細闡述「大法官釋字第613號解釋」與本案相關之內容及重點。再接著，針對金管會之機關組織定位、委員任期保障及機關角色功能等問題進行探討並提出建議。最後，根據檢討與建議結果，繪製擬修正之條文對照表（包括建議修正金管會組織法第8條有關委員之人數、任期及任命程序，建議在相關法律增訂有關獨立機關其成員之消極資格條件及命其去職之法律程序，以及建議維持現行基準法第21條有關獨立機關合議制委員之任命程序等），俾提供委員修正相關法案之參考。
