「傳染病防治法」在歷經2004年SARS疫情衝擊後，於2006年6月完成大幅度修正，其中第43條「強制隔離治療」、第46條中之「留驗、令遷入指定處所、指定特定區域實施管制、強制隔離」、「侵入住居」，均屬於強制執行，但執行方式存在許多問題，如人身自由剝奪之法官保留、侵入住居之執行方法、強制執行之時間限制，在「傳染病防治法」中均付之闕如。
此外，依據「行政執行法」規定人民因執行機關實施即時強制，致其生命、身體或財產遭受特別損失時，得請求補償。但因可歸責該人民之事由者，不在此限（第41條第1項）；且損失補償，應以金錢為之，並以補償實際所受之特別損失為限（第41條第2項）。現行「傳染病防治法」對於即時強制之人民財產損失均定有補償規定，唯獨對於人身自由之限制未有補償規定。
本文經探討傳染病防治法強制執行之方式（包括人身自由剝奪之法官保留原則、強制執行之時間限制、侵入住居之執行方法）、強制執行之事後處理（補償）、強制執行之對象（「傳染病病人」與「曾與傳染病病人接觸或疑似被傳染者」之區別）後，作以下建議：
一、第43條「強制隔離治療」的作法違反「法官保留原則」及憲法對人身自由基本權利保障，在程序上有待加強；第44條延長隔離治療期間之「有無繼續強制隔離治療之必要」評估因涉及不定期強制住院期間之長短，在程序上應儘量要求公正客觀，應有除醫師以外客觀第三人之介入，建議由中央主管機關召集專業人士組成審查會進行審查。以侵害的嚴重程度而言，第46條「留驗、令遷入指定處所、指定特定區域實施管制、強制隔離」可排除於「法官保留」的要求之外，惟「留驗、令遷入指定處所、指定特定區域實施管制、強制隔離」等管束事後須以書面行之，24小時後仍具管束原因而欲繼續管束時，須作成另一次行政處分。
二、第36條對於侵入住居之執行方法，如情況急迫之程度、間接強制先行均未提及，實有加強之必要。爰建議先告戒於限期內，由場所所有人、管理人或使用人自行從事防疫工作（間接強制），屆期未自行從事防疫工作，方可以執行直接強制。
三、傳染病防治法因疫病遭受隔離，應屬於因防制疫病所生之補償責任。當「曾與傳染病病人接觸者」或「疑似被傳染者」經證實並未感染傳染病時，自應予以補償。至於補償方式，建議由公正人士組成委員會，依個案影響自由之程度及容忍義務之不同予以不同之補償，爰建議增列第46條之1。
四、為平衡主管機關防治疫情之實際需要並保障人權，建議將第13條「視同傳染病病人」刪除，「適用」改為「準用」；「疑似傳染病病人」之定義不明，為免文義範圍過廣，爰建議於第3條加以定義；在對於「疑似傳染病病人」之手段限制方面，第46條「留驗」應區分為兩個處分，當「留置」後認為有進一步「採驗」、「施行預防接種」、「投藥」必要時，應另為處分。此外，第45條有關傳染病病人之體液等可能具傳染性物品之採檢程序，建議採驗前應告知病人檢驗項目及用途，並以侵害最小的方式為之。
