中國大陸在1979年實行改革開放政策以來，兩岸貿易額及投資額逐年擴增，台商對大陸產業之布局已由傳統產業，逐漸改以電子高科技產業為主，產生結構性之變化。另外，台商大多透過第三地（如英屬維京群島等免稅天堂）方式投資大陸地區，並利用轉讓定價安排，以高進低出之手法，將利潤留在第三地，在大陸之帳上則呈現虧損或小幅盈餘，惟在兩岸政府日趨嚴格之稅務政策下，可能發生重複課稅情形。
由於我國與中國大陸關係特殊，且尚未簽訂租稅協定，故各自單邊採「抵免法」以避免重複課稅，但是實務上，因為無稅務合作及交流，兩岸很難具體掌握雙方之具體規定，對某項所得是否存在重複課稅難以正確判斷。另外，由於兩岸稅收訊息未交流，台灣政府無法確實掌握台商在大陸所得實況及納稅情形而無法給予稅收抵免；同理，大陸方面亦無法確實掌握台商在台灣所得實況及納稅情形而無法給予稅收抵免，而可能產生重複課稅之情形。
兩岸專家學者皆認為要解決逃漏稅及雙重課稅等問題，應在彼此承認的情況下，簽訂類似國際間的租稅協定，且目前與我國簽署租稅協定之國家僅16個，與美、日及大陸等主要貿易國家均無簽署，實有積極推動之必要。故建議目前應持續加強兩岸租稅協調之溝通及交流，並在交流中建立互信，再基於兩岸平等、互利及尊重彼此之稅收管轄權原則進行協商協定問題，而協定內容應明確界定適用對象、範圍、常設機構、營業所得、投資所得及個人所得等，以利協定內容之執行。另外，兩岸三通後海、空運往來將十分頻繁，兩岸雙方從事對方海運、空運及陸運收取之收入亦應評估是否納入互免所得，使台商企業之投資可以完全避免遭受重複課稅，以保障其權益。
