自1989年以來，兩岸經貿往來可以以「快速成長」來形容。1989年至2007年，台灣向大陸之進出口值均以驚人之倍數成長。長期發展之結果，台灣與大陸已彼此成為重要的貿易與投資夥伴。兩岸之經貿活動雖快速發展，但卻呈現台灣對大陸大量出口而進口額相對較少，以及台灣對大陸單向投資等之不對稱現象。又，長期以來，兩岸垂直分工之互補合作，已因大陸技術日益進步，其產業發展與台灣相似性愈來愈高，而逐漸形成彼此競爭之態勢。
兩岸經貿關係雖然十分熱絡，但是卻是呈現政治冷經濟熱、官方冷民間熱的一面倒現象，經貿活動大部分是民間的、單向的、間接的交流。兩岸經濟合作主要障礙在於雙方長期之政治對立與敵意。近幾年，在經濟合作區域化、全球化的浪潮下，台灣被邊緣化、商機不斷流失之疑慮不斷升溫。此外，兩岸經貿活動迅速成長的結果亦造成貿易摩擦的增加。另，大陸加入WTO的5年入會過渡期已於2006年底結束，大陸為吸引外資所提供之各種優惠措施將逐漸取消；大陸為防範經濟過熱採取一連串宏觀調控措施；勞動合同法與企業所得稅法之實施，均使大陸投資環境轉趨嚴峻，台商大陸投資備受挑戰。長期以來，兩岸缺乏經濟合作機制，亦令台商錯失許多商機。
在全球化與經濟區域化之發展趨勢下，若台灣被排除在區域組織之外，台灣經濟活動是否會被邊緣化值得憂慮。因此，各界對兩岸如何加強經濟合作，提出不少合作模式之主張，包括：比照大陸與港澳之經濟合作模式，簽訂類似CEPA之協定；利用兩岸均為WTO會員之機會，透過WTO平台協商兩岸問題；循序漸進逐步達到兩岸「共同市場」之目標；以及馬英九總統之拋棄政治爭議，兩岸簽署「第三模式」「綜合經濟合作協定」之主張等。
大陸擁有充沛人力、土地以及龐大的內需市場，未來台商大陸投資應著眼於重視大陸內需市場之潛力與開拓。部分產業若能結合台灣在技術、研發、管理與行銷之優勢，與大陸合作，確有創造雙贏之優勢。以農業而言，台灣擁有優秀之農業技術與研發能力、良好的農業推廣機制、現代化之經營管理，並具備育種與栽培關鍵技術，若能利用大陸充沛之土地與人力，以及廣大之消費市場，與大陸充分合作，應可提升我農業之競爭力。以工業而言，兩岸可在「技術標準」上充分合作；兩岸生技產業之發展各具優劣勢，但大陸具有廣大之市場，因此，兩岸在生技產業上具有合作之互補性；此外，台灣應積極推動高附加價值產業，與大陸合作，將大陸製造之半成品或成品轉回台灣再加工，創造高附加價值後，再利用台灣擅長之經營與行銷策略，佈局全球。以服務業而言，台灣受人民收入增長趨緩、消費力道減弱、內需市場狹小、以及製造業外移使服務業客戶流失等因素之影響，服務業發展受到限制。未來欲取得較大發展空間，惟有將服務半徑向大陸延伸，才有新的動力。觀光服務業、醫療服務業、教育服務業、甚至銀髮族服務業都甚具發展潛力；至於兩岸金融業監理機制之建立亦可期待。
晚近兩岸關係漸趨和緩，雙方希望透過協商謀求解決之議題甚多，因此亦建議：擴大兩會組織與人力，設立不同議題小組，同時進行協商；推動兩會相互駐點人員機制，協助經濟活動、甚至其他如民事司法互助之文書送達、調查證據等業務；本院負責法規鬆綁之拍板定案，應加強財經人才之網羅，以及兩岸經貿問題之研究，俾能適時提供本院委員修正相關法令之參考意見。
