大陸自改革改開放以來，首先對臺灣提出“三通、四流”，希望分隔三十年的兩岸，可以相互來往。當時主政的蔣經國以“三不”政策做為回應，也等於沒有回應。李登輝主政後，也未回應大陸的“三通”，三通便懸而未決，沒有具體的行動。
2000年陳水扁當政時，由於實際需要，在繁榮離島的名義下，並為小額貿易除罪化，在民間的壓力及立法院的決議下，規劃並實施小三通。小三通的實行，不是大陸的期望，然而通總比不通好，雖不滿意，也就勉強接受。
小三通在實行之初，頗多限制，但由於事實需要，政府也經檢討評估後，逐步放寬，使得人員往來，更趨便利。
馬政府上台後，在政策上重啟兩岸協商大門，在開放鬆綁的政策下，逐步推動包機直航、陸客來台觀光以及擴大小三通。在直航未協議完成前，先實施周末包機。二個多月來，雖有周末包機，但小三通更為活絡，兩岸人員往來人數統計屢創新高，似未受周末包機影響，但周末包機實施期間，其對小三通並未構成排擠，極為明顯，但三通直航以後，是否影響小三通的功能，就是研究的問題。
本報告從兩岸直航的緣起和發展、小三通實施背景與過程、馬政府上臺後擴大小三通的政策與做法等歷史背景做一論述，再從小三通的優勢，分析金廈小三通可節省成本、金廈小三通中轉的便利性、金廈小三通政策陸續開放，將有助影響實際的成效、直航與小三通渠道不同，各自發展互不影響。至於面臨的問題，金門地區應改善相關設施與加強服務，以利旅客中轉、金門地區本身加強開發，以吸引人潮、以及直航包機增加航點、航班及截彎取直，可能會衝擊小三通。預估兩岸直航後，金廈小三通需加以改進，則能補充直航之不足，繼續發揮往返兩岸中轉之功能，否則可能會受到直航後的某種程度的影響。
