台灣需用之中藥材90%以上倚賴進口，其中90%以上又來自中國大陸，中藥材從中國大陸透過貿易商進口，進入中藥商或中藥廠，供台灣消費者使用。
大陸中藥材生產地區從栽種、採收、處理、包裝、銷售之過程，尚乏完善之管理與規範。因此，進口之中藥材品質，極易存在品種混雜、真假難辨，巿售易誤用或混用；中藥材包裝、儲藏不當，易受霉潮、蟲蛀污染而變質；中藥材成分檢驗，量化指標亟待完善；中藥材不當加工，影響品質；以及易含重金屬、農藥殘留量與微生物污染等問題。
由於台灣中藥材管理機制尚待加強，對於中藥材未能執行有效之證照管理制度，依現行法令規定，進口商僅要辦理一般進口簽證，就可進口中藥材，進口後也不受上市抽檢之管理，影響國人用藥之安全。
基於海峽兩岸處於特殊之政治環境，導致兩岸文書相互認證作業困難，而中藥材之源頭品質監督，屬大陸官方管轄範圍，如何建置中藥材境外認證機制，以解決兩岸政治環境之障礙，值得探討。
準此，政府應針對自大陸進口之中藥材，實施中藥材境外品質認證檢驗管制，對大陸進行源頭掌控，再由境內管制作第2層把關，以杜絕有問題之中藥材進口。
中國大陸擁有豐沛之中藥材源頭，台灣則政經社會高度發達，科技相對進步，對中藥材產品之商品化與行銷經驗相對豐富，兩岸若能共同於中藥材源頭建立管控，獲得優質之中藥材，再結合台灣在研發技術與經營管理上之優勢，則有利於推動兩岸中藥材產業之發展。
為有效監控海峽兩岸中藥材之品質，台灣政府應建立中藥材品質監控機制，收集世界各國監測中心之中藥材安全資訊，開發中藥材不良反應資訊及安全監測系統。
