馬總統在上任後提出與中國大陸洽簽兩岸經濟合作架構協議（Economic Cooperation Framework Agreement,簡稱ECFA），以作為對外經貿政策之主軸。目前ECFA已成為兩岸間最重要之議題，近期兩岸政府部門亦公開有關ECFA影響評估之研究意見。然而，兩岸如決定進行ECFA協商，其可能模式為何？如何掌握洽簽ECFA之進展時程與步驟？兩岸洽簽ECFA之談判原則為何？ECFA於WTO下如何簽署始為適法？以何名義簽署？ECFA之項目內涵、開放方向為何？洽簽ECFA之配套策略為何？凡此均值進一步研究，以確保臺灣平等之地位及利益。
本報告自全球區域經濟整合狀況及其對台灣之衝擊談起，並就兩岸洽簽自由貿易協定之經驗進行分析，再分別從程序面及實體面研析兩岸洽簽ECFA之原則與策略。本報告研究發現，在兩岸洽簽ECFA之程序面，ECFA係具有兩岸特色之經濟合作協議，而兩岸既同為WTO會員，ECFA應依WTO模式，秉持平等原則洽商。又ECFA之進展時程應視台灣自由化之需求而定，採取之步驟則應以循序漸進方式。再者，因簽署ECFA所能為台灣帶來之經濟效益，目前仍屬預估階段，其創造效益與造成衝擊間，利弊得失應進行全面評量，亦應得到民意支持，故在ECFA簽署前之研究及協商階段，為有利於公眾參與和民意監督，並有助於社會形成共識，應適度採取公開化、透明化之原則。而立法院代表人民就行政部門洽簽ECFA之形式及內容進行審查監督，對此重要事項除事後審議外，應可事前參與決策，以確立ECFA之簽署符合國家整體利益及多元民意之方針。
另在洽簽ECFA之談判原則上，兩岸應秉持擱置爭議、求同存異原則，對無法解決或獲得共識之問題將其暫時擱置；此外，應採取廣泛諮商原則，一方面讓協議之內容充分完整，另一方面亦可確保協商項目未來可以順利達成；另為避免協議延宕時日，可採先易後難之方式逐步完成；且應兼顧雙方利益，實現互利共贏。按兩岸關係目前正站在歷史轉折點，如何在宏觀政策上協調合作正考驗兩岸執政者之智慧。
至於在兩岸洽簽ECFA之實體面，ECFA應屬於自由貿易協定（FTA）與經濟整合協定（EIA）兩者的混合型，該過渡性協議之簽訂應遵循WTO所定程序及實體相關規範。而兩岸簽署ECFA之名義，台灣應爭取平等之地位。另為顧及台灣產業之利益，兩岸除應強化產業合作外，未來與中國洽簽ECFA協議時，應堅持對中國貨品循WTO規範，沿用反傾銷、平衡稅及防衛措施等貿易救濟規定，並應建立適當的機制以有效執行本協議；又由於兩岸關係特殊，「退場機制」恐係台灣自保之必要規劃，以避免中國無善意或未遵守ECFA協議，此等均為台灣應爭取納入ECFA之項目內容。再者，ECFA應循開放方向，就兩岸貨物貿易、服務貿易進行自由化，並就貿易投資採取便利化措施，台灣則應在ECFA談判中爭取中國已給予其他自由貿易協定夥伴之待遇。最後，洽簽ECFA需擬妥相關配套策略，在實質上，協助因市場開放而受影響之產業進行升級或轉型；在目標上，台灣應利用WTO多邊架構拓展實質雙邊關係，並同時積極推動與主要貿易夥伴洽簽FTA，使台灣的出口更具國際競爭力；而在宣導上，政府洽簽ECFA協議，亦應積極充分溝通與宣傳，瞭解各界及對岸之想法，以確保未來協商時，能全力捍衛我方利益。
