大陸地區與臺灣地區先後於2001年12月11日及2002年1月1日加入世界貿易組織，成為該組織之會員。兩岸在加入該組織前、後，即對各自的商標法令進行符合與貿易有關之智慧財產權協定規範之修正工作，以期順利加入；而在加入後，兩岸政府仍然持續努力地進行相關修正工作，期能更加符合該協定的相關規範。惟受兩岸各自的政治社會結構、經濟發展情形及傳統文化氛圍的制約，修正工作並無法一步到位，使能完全符合國際上關於保護智慧財產的相關規範，此將成為雙方政府一致努力的目標。
本報告選擇隸屬於世界貿易組織的與貿易有關之智慧財產權協定的智慧財產權國際保護體系，作為兩岸現行商標法比較的架構，在臺灣為2003年5月28日修正公布的商標法及其相關法令；在大陸為2001年10月27日公布、自2001年12月1日起施行的商標法及相關法令為分析標的。所得結果期能作為本局日後評估臺灣刻正積極進行修訂商標法工作的基本材料、兩岸幾乎同步修正其商標法的比較研究資料，並謹供本院委員兩岸關係問政時參考。
本報告首先簡要介紹與貿易有關之智慧財產權協定中，與商標保護有關之規範、海峽兩岸現行商標法制概況，然後就商標權的客體；商標的註冊程序；商標權的轉讓與授權使用；商標權的範圍、期限、延展和廢止；侵犯商標權的法律責任與救濟等各項，分別進行比較分析後，再與「與貿易有關之智慧財產權協定」之規範進行比較，最後提出結論。
結論要點如下：一、就臺灣商標法制與TRIPS協定規範之比較方面提出2點：(一)臺灣商標法未就國際展覽會保護的優先權定有明文、(二)臺灣現行商標邊境保護措施規範與TRIPS協定尚有未符。二、就大陸商標法制與TRIPS協定規範之比較方面提出5點：(一)大陸商標法規範不得作為商標的標誌範圍背離巴黎公約的規定；(二)外國人或外國企業商標事宜應委託商標代理人辦理的規定，有違國民待遇原則； (三)大陸商標法規定行政主管部門處理侵權產品的權利及(四)欠缺因濫用程序所致損害的賠償之規定與TRIPS協定尚有未符； (五)大陸商標法關於商標權邊境保護措施的規定與TRIPS協定仍有差異。
