現行專利法中舉發制度之設計，未能清楚認知到專利權有效性之爭議本質所具有之私權爭議性，仍適用一般行政事件之爭訟規定，行政救濟程序冗長，相較各國法制結構上，至少多了一個層級，不但增加申請人、代理人與相關機關在處理上的時間與勞費，亦無法呼應產業界儘早確定專利權爭議之需求。智慧財產案件審理法施行後，民事法院及智慧財產局分別就專利權有效性進行認定之雙軌制運作下，行政爭訟在審理時效上勢將無法有效配合相關民事案件審理速度，將使專利舉發制度存在之價值大減，並可能使得審理新制其紛爭一次解決，迅速實現當事人之權利保障的功能無法發揮。再者，現行舉發制度下，以智慧財產局爭訟對象，專利權人雖對專利之有效與否關係最為密切，卻非舉發程序之當事人；行政機關在後續行政救濟中淪為被告地位及當事人免費之訴訟代理人，減損其公信力，並且因專利權人與舉發人兩造對立而使得後續行政爭訟程序之進行相當複雜。同時，現行專利法對於舉發之審理，則僅有五個條文規範，過於簡略，實務運作爭議叢生，實有檢討並修正之必要。
本文認為專利舉發制度之行政救濟層級過於冗長，應予簡併；對於舉發審定不服者，應免除其訴願之救濟層級，得逕行提起行政訴訟。同時，並應改採舉發人與專利權人對立之雙方當事人結構，由專利專責機關之資深審查人員以合議方式進行審查，其審查程序應採行直接、言詞方式及職權探知主義，刪除舉發不成立對於第三人效力之規定，並建立專利專責機關及法院間資訊交流管道，俾以發揮保護專利權制度及促進產業發展之目的。
