農田水利會組織通則（以下簡稱本通則）自1965年公布實施，其目的主要係在規範及促進農田水利會之運作，以秉承政府推行農田水利事業，並為配合及落實政府組織改造精神，簡化層級，統一監督體制，提升行政效率。然而農田水利會除具有農作灌溉用途外，也具有排水功能，尤其近年來氣候異常，時有暴雨，既有道路排水系統並無法及時宣洩，導致部分地區僅因午後大雨，造成許多災情，此時水利渠道即具有排洪功能。
行政院因應地方制度法修正後，將於2010年12月另成立3個直轄市，造成部分農田水利會事業區域跨區，致其主管機關究係直轄市或中央主管機關產生疑義。據此，本專題研究報告將就為因應五都成立有關主管機關及會員資格等法制面檢視現行法令政策及執行現況，提出以下問題及建議：
一、配合五都改制，農田水利會主管機關統一歸屬為行政院農業委員會。
二、建議增訂耕地承租人得為農田水利會會員資格者，限於依耕地三七五減租條例簽訂者。
三、因應民法物權篇修正，將具農田水利會會員資格之原永佃權人配合修正為農育權人。
四、明定農田水利會會長之派員代理及補選之規定。
