學術自由乃我國大學法之基本立法精神，該法第1條第2項即明文規定:「大學應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權。」因此，舉凡辦理大學或類此程度之教育學校或教育機構，均應受到大學法前述規定之保障。對於辦理具有大學學位以上之軍事院校是否適用原則或是類大學院校是否劃為大學法所規範之公立大學之屬?學者認為應屬公立大學或獨立學院，由於私立學校法明文規定，是類學校不得由私人籌辦，故其非屬私法人甚明並認為軍事院校之設置與一般公立大學之相異點僅在於有權設置國家機關不同而已，其法律地位並無不同；且從兩者設立之任務觀之，均屬為國家完成高等教育之任務。首先，按軍事教育條例第4條規定:「國防部為辦理軍事教育，得設立相關之軍事學校，…」，細繹其文義，可得知各軍事院校在法律上係為國防部所屬公營造物，即使是辦理大學教育之軍事學校亦不例外，與一般大學院校相異點僅在於有權設置國家機關不同而已，其適用法律地位並無不同。由上述推之是類大學院校應劃為大學法所規範之公立大學之屬，並應對於大學內研究、教學及學習活動，擔保其不受不當干涉。
學術自由（academic freedom）譯自德國（akademische freheit）意為保障學術之自由。主要是指大學或其他高等學府教師有發表、討論學術意見而免於被解職等恐懼之自由，及享有教學自由和學生的學習自由。因此學術自由為我國重要的文化基本權，為保障其所建構的客觀價值秩序，國家必須透過人事、財政及組織等資助方法來照顧自由的學術。換言之，促進自由的學術活動，在大學或學術機構不斷發展運作，使獨立的研究及學術講學得以持續經營。長期以來，軍事教育體系因其特殊性及專業性，形成了一個較封閉的教育體系，與一般民間的教育體系並未有太多的交流，在軍事教育條例制定施行以前，國防部所屬之軍事教育體系，完全獨立於教育部管轄以外，除了授予學位之基礎教育、研究所教育之課程須向教育部核備外，無論學校組織、預算、教師及學生之權利保障等一切事務，均由國防部自行辦理、籌畫，教育部一向不主動介入軍事教育事務，教育部與國防部之管轄界線清楚，涇渭分明。如此情形延續數十年之久，造成軍事院校之封閉、欠缺與一般公私立院校交流之機會，外界也欠缺對軍事院校的認識。學術自由乃我國大學法之基本立法精神，因此，舉凡辦理大學或類此程度之教育學校或教育機構，均應受到大學法前述規範之保障。因此，學者認為辦理大學教育之軍事院校或類此程度之教育學校或教育機構，舉凡確定者，得授予學士以上學位之陸、海、空三軍官校，國防醫學院，國防大學體系下之管理學院、政治作戰學院及理工學院均屬之，均應受到大學法學術自由之保障。
爰此、軍事教育條例的部分條文修正與調整確實有其必要。本報告共分成5章：第壹章、軍事院校辦理大學教育之學術自由概念；第貳章、我國軍事院校法制沿革與現況；第參章、學術自由在國外軍事院校之實踐；第肆章、問題與修法建議；第伍章、結語。並檢附建議修正條文對照表，針相關問題進行分析並提出具體修法建議，俾供委員問政及審查相關法案之參考。
