自2010年12月25日起台北縣、台中縣（市）、台南縣（市）及高雄市縣正式改制為新北市、台中市、台南市及高雄市。縣市合併改制或單獨升格為直轄市後，參照台北市及高雄市模式，國立高中職及私立高中職將轉由直轄市政府管轄。預計有國立學校59校及私立學校83校將一併改隸新直轄市政府主管。惟國立高中職改隸作業並非如教育部預期的順利，直轄市除台北市轄區範圍沒改變外，其餘如新北市、台中市、台南市、高雄市，其原有國立高中職改隸直轄市均有移撥轉換問題。教育部原本預計2012年8月正式移轉，但地方政府卻希望中央對員額編制、一般教學經費、退撫經費補助等分毫不差移撥，使得中央與地方存有歧見。
經研究整理中央及直轄市教育行政機關對於國立高中職改隸市立有以下4大項爭議：第一，興辦經費移撥的爭議。第二，政府基礎教育投資不足引發的爭議。第三，新直轄市高中職員額編制爭議。第四，教育人員退休撫卹金提撥歸屬爭議。嗣就前項爭議問題提出研究結論認為宜以修正教育經費編列與管理法第3條、學校教職員退休條例第9條及學校教職員撫卹條例第16條，以杜絕因改隸而引發之爭議，俾利順利完成國立高中職之移撥作業。
