97年度發生金融海嘯，公務人員退休撫卹基金之運用已實現損失約94.97億元，若加計未實現損益（含備供出售金融資產之投資評價損益）實際損失約860.87億元。該基金因而分別於97年度、98年度及99年度認列應收國庫補貼款約1.67億元、17.58億元、29.57億元，共計約48.82億元；惟截至102年度止，國庫僅分別於99年度至102年度核定公務人員退休撫卹給付(含預算)分別為約1.67億元、1.67億元、1.67億元、7.4億元，共計約12.41億元，差短約36.41億元，國庫之撥補顯有不足。
關於退撫基金運用所得(已實現)較法定收益發生差短者，國庫認列撥補年度顯較退撫基金遲緩，且撥補金額亦顯有不足，不利於全體參加人員之權益保障。又，國庫之作法與公務人員退休撫卹基金管理條例第5條第3項及公務人員退休撫卹基金管理條例施行細則第15條等相關法令規定及本院決議有未盡相符者。此外，退撫基金依行政院主計總處函令，依已實現損益計算運用所得，亦與退休基金應以市價法評價以反映經濟實質之原則未符。對於前揭法令適用之瑕疵，容有法令規定欠明確之爭議，爰提出建議修正條文，期使相關法制之規範更加周延。
至於國庫撥補退撫基金運用所得之差短後，運用所得轉虧為盈時如何處理乙節，依現行法令規定，並無退回或不為撥補之規定，且就本條例之立法意旨以及基金精算狀況而言，為充裕該基金之財源，尚無退回或不為撥補之必要。又，退撫基金係屬信託基金，其所有權人實為全體參加人員，國庫撥補差短既為退撫基金之法定債權，自亦屬國庫之法定債務，該基金依法認列相關債權，國庫既不爭議其債權之存在，依法自亦應認列相關債務並儘速補足之。
