為開放中小企業資金融通之管道，按現行公司法第15條規定，公司之資金於例外之規定下，尚非完全禁止不得貸與股東或任何他人。又，營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第36條之1第2項之對未收取利息收入擬制設算課稅之規定，經司法院釋字第650號宣告違憲後，於98年5月27日增訂所得稅法第24條之3規定取代。然而，查核準則第97條第11款另有限縮或剔除實際已支付利息費用課稅之規定，經最高行政法院99年度6月份庭長法官聯席會議決議，認為尚無違反租稅法律主義。惟本研究認為，限縮或剔除實際已支付利息費用課稅之規定，與設算利息收入課稅同樣涉及租稅客體之範圍，乃有違反憲法第19條租稅法律主義之可議，爰針對前揭設算利息收入與剔除利息費用之法制問題探討之，以供委員問政及修法之參考。研究結論與建議如下：
一、查核準則第97條第11款另有限縮或剔除實際已支付利息費用課稅之規定，與查核準則第36條之1第2項同樣涉及租稅客體之範圍，應以法律或法律明確授權之法規命令定之，否則即有違反憲法法律保留原則及租稅法律主義。且查核準則第97條第11款與所得稅法第24條之3二者同時適用，一方面剔除已支付利息費用，另一方面則對未收入利息予以設算，一減一增，虛增納稅義務人所得，並增加其法定納稅義務，有害其營業之永續經營、職業自由及財產自由權之保障。
二、參照所得稅法第24條第1項及商業會計法第60條第1項規定之「收入與成本費用配合原則」，既依法擬制設算利息收入課稅，自無由再限縮或剔除實際已支付利息費用課稅。因之，查核準則第97條第11款與所得稅法第24條之3同時存在，將產生如何適用之法制上的衝突。
三、為符合租稅法律原則及收入與成本費用配合原則，爰建議建議刪除查核準則第97條第11款及最高行政法院71年判字第1242號判例，不予援用外。此外，除將查核準則第97條第11款規定內容應改以法律定之外，並增訂除外規定，將已依所得稅法第24條之3計算利息收入課稅者，其相對利息費用應予認列。
四、建議增訂所得稅法第24條之3第3項條文擬為：「一方面借入款項支付利息，一方面貸出款項並不收取利息，或收取利息低於所支付之利息者，對於相當於該貸出款項支付之利息或其差額，除依前二項規定計算利息收入課稅者外，不予認定。當無法查明數筆利率不同之借入款項，何筆係用以無息貸出時，應按加權平均法求出之平均借款利率核算之。」
