為配合政府組織改造，原行政院海岸巡防署及所屬機關整併納入海洋委員會所屬，並於104年6月16日制定海洋委員會與所屬海巡署、海洋保育署及國家海洋研究院等組織法，除海洋研究院組織法施行日期將另行處理外，海洋委員會及其所屬機關組織法業於107年4月28日施行。依中央法規標準法第21條第4款規定，「行政院海岸巡防署組織法」、「行政院海岸巡防署海洋巡防總局組織條例」、「行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例」及「行政院海岸巡防署海岸巡防總局各地區巡防局組織通則」之組織法律已無適用必要，應配合辦理廢止，俾完備法制作業。有關本案提出以下三點建議，俾供本院委員於審查法案之參考：
一、依中央法規標準法第21條第4款規定，本廢止案可資贊同。
二、相關作用法應隨組織名稱變更、業務功能調整，持續檢討循法律修正程序辦理。
三、廢止案具時效性，宜儘速審議，以避免法律適用上產生爭議。
