行政院組織改造工程歷經20餘年漫長的研議與討論，在各界積極凝聚最大共識下，首先本院於民國（下同）99年1月12日三讀通過修正行政院組織法、中央行政機關組織基準法，及制定行政院功能業務與組織調整暫行條例、中央政府機關總員額法等攸關行政院組織改造的四部法律，並由總統於同年2月3日公布，確認行政院設14部、8會、3獨立機關、1行、1院及2總處。此外，提供另一類行政組織選擇可能性的行政法人法亦於100年4月8日三讀通過，同年4月27日由總統公布即日施行。
至此，行政院組織改造的法制工作已完成階段性的任務，後續即為各部會及其所屬機關的組織法立法工作。在「分批完成立法，分階段施行」的原則下，截至本院第9屆第5會期止，仍有內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部、環境資源部等5個部會的組織法尚未完成立法，為此，《行政院功能業務與組織調整暫行條例》於106年12月3度修法將「過渡期」延後至109年1月31日。整個行政院組改法案，從101年啟動迄今延宕多年，有評論認為 組織改造真正的阻力主要卻還是來自於行政體系本身。不少的部會機關，擔心自己的單位在組改後會被併甚至拆散消失；不同層級的公務人員則擔心職等是否會被調降，原有的官位會否因組織精簡而不保，乃至於組織整併後會不會增加工作量，甚或是要搬遷辦公場所等，所有的這些擔心顧慮積累起來，自然可以各種冠冕堂皇的理由，泥阻組改的進程，爭取以拖待變的轉圜空間。然行政院賴清德院長去（106）年9月上任後，則特別加快組改腳步，親自協調、溝通相關部會的組改爭議，內政部及其所屬機關暨相當三級獨立機關之核能安全委員會等計43項組織法草案，行政院業於本（107）年5月3日函送本院審議，本局爰逐案研提評估意見如後，並研提條文對照表，俾供委員審議之參考。
