陳水扁總統於第十任總統就職演說中，揭櫫「人權立國」目標，希望實現聯合國長期推動的主張，在台灣設立獨立運作的國家人權委員會，不管是隸屬於總統府、行政院或者監察院，必須克服萬難來儘速全力促其實現。國家人權紀念館雖未在宣示之列，當局卻一直推動其組織法相關立法作業，可見這也是陳總統的重要政策之一。但因中央行政機關組織基準法的公布施行，及政府改造組織精減政策的實施，國家人權紀念館之設立須有不同的因應方式；惟其組織設於總統府之下，欲賦予其獨立超然的地位，則有憲政體制的問題。本文研究目的主要在探討國家人權紀念館組織設置的基本法制體系問題，文末建出建議，供委員審議本案時參考。
