行政院基於司法院95年7月21日釋字第613號解釋之意旨，行政院院長對獨立機關重要人事應保有一定之決定權限，即包括獨立機關在內之所有所屬行政機關之整體施政表現負責，以落實行政一體及責任政治原則。進一步擴充而提出中央行政機關組織基準法第21條修正草案，本文將先行檢視獨立機關設置之意義；其次，探討取消立法機關對獨立機關人事同意權行使，對於憲法權力分立原則所產生的之問題如下：
一、剝奪立法院對獨立機關人事參與的權力，造成行政、立法兩權關係明顯失衡之狀況。
二、減損立法權對行政權的監督與制衡，造成朝野關係緊張對峙。
為符合憲法權力分立之原則，發揮獨立機關設置的功能，故本文建議仍宜維持現行條文不予修正。
