截至2008年5月底止，臺商申請赴大陸投資的件數累計便達36,850件，累計金額達689.73億美元，占我國對外投資累計總金額的55.92%；然而由於國際油價不斷飆高帶動原物料價格攀升；臺商在中國大陸的土地取得成本及水電費用成本提高；人民幣更是搭載大陸急速飛揚的經濟成長持續升值；就值此時，大陸又自本（2008）年開始實施新制勞動合同法以及新的企業所得稅法，臺商原有的「兩免三減半」的優惠稅率條件已有所改變。在這多項經濟環境利空籠罩之下，使得許多臺商面臨進退失據的兩難情況，因而思考縮小規模或是把資金轉回臺灣重起爐灶。
財政部與經濟部為消除臺商大陸投資收益重複課稅部分，遂研擬修正「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第24條及第35條規定，放寬臺商獲配自大陸地區公司或事業之投資收益，可自臺灣地區應納稅額中扣抵之稅額範圍，將現行可扣抵稅額僅限於大陸地區投資收益在大陸及第三地區已繳納之所得稅，擴大至其用以發放該股利之所得所繳納之大陸地區公司所得稅(企業所得稅)亦可扣抵，以及允許臺商申請補辦許可。上開草案業經行政院3月19日院會通過，且並於本（97）年3月21日以院臺陸字第0970011708號送請本院審議。
本草案第24條及第35條條文經研析評估後，提出以下修正建議：
一、草案第24條部分－1.主管機關應修正為經濟部；2.第2項所謂「經主管機關許可」之對象亦應包括「一定金額以下」之投資申報。
二、草案第35條部分－1.第4項之「由主管機關…」應修正為「由經濟部會商有關機關…」；2.第5項之生效日期有欠妥當，以及宜放寬補辦申請與申報期限。
