行政院為順利於84年3月1日實施全民健康保險，乃於84年1月1日成立中央健康保險局（以下簡稱健保局），辦理本保險業務。全民健保實施後，行政院衛生署於91年9月1日實施調整全民健保保險費率及門診部分負擔新制，引起各界對健保局員工比照事業機構支領績效獎金多所議論，連帶對健保局之組織屬性亦表關切，多認為應就健保局之組織定位加以檢討。本院於審查91年度、92年度、93年度、95年度及96年度預算時，分別作成多次決議，均認為健保局性質應定位為行政機關。
行政院爰從業務之屬性、機構之特質、法律之規範及社會之期待等各方面重行檢討健保局組織定位，在維持健保局現有業務運作機制下，參照相關成例及遵循「中央行政機關組織基準法」（以下簡稱組織基準法）規範之法制體例，擬具「中央健康保險局組織條例」修正草案（以下簡稱本草案），於97年2月1日送請本院審議。本草案經提本院第7屆第1會期第2次會議報告後決定：「交司法及法制、衛生環境及勞工兩委員會審查」，經於同年3月26日、4月7日進行第1次、第2次審查，業經報告及詢答結束，並決議另定期舉行公聽會。
本院委員以本草案之修正，是否存在制度改革之具體內涵，事涉全體國人權益及國家財政負擔，且攸關實質公平及員工權益，至為重要，主管機關不宜草率，應廣聽各界建言，多加討論。茲為瞭解各界對已施行之全民健保方案及行政院所提改制行政機關之看法，並使各界人士都有公開發聲管道，爰依本院職權行使法第54條規定，於97年4月15日（星期二）召開公聽會，俾本院委員於審查本草案等相關法案時能集思廣益、凝聚共識，並獲致基本之立法方向。透過公聽會聽取各方意見後，行政單位要加以補充，使健保局組織法更詳細，對於健保局回歸衛生署，能有更具體之管理制度。
觀諸本草案內容，發現尚有諸多問題有待斟酌，為使法案更為周延，擬就本草案較具爭議性之問題，提出修正意見，供委員審議本草案之參考，主要修正建議如下：
一、健保局組織如政策決定改制為行政機關，法案名稱宜修正為「行政院衛生署全民健康保險局組織法」（草案名稱）。
二、「中央健康保險局」名稱宜按權限職掌分際，修正為「全民健康保險局」（草案第1條）。
三、總員額法未制定前之過渡時期，健保局各職稱之官等職等及員額併同立法，於條文中規定另作附表（草案第5條）。
四、健保局依員工意願選擇支領具退休金內涵之待遇，或選擇一般行政機關待遇，破壞公務人員公平合理之待遇制度（草案第6條第1項、第7項、第8項及第9項）。
五、未具任用資格人員（編制內未具任用資格人員、約聘僱人員及業務助理），資格性質相近者，宜合併規範繼續任原職至離職或退休（草案第6條第4項及第5項）。
六、健保局專技考試及格未銓敘有案者及具金融保險雇員升等考試資格者，從寬認定具有轉任資格之規定，破壞公務人員人事制度，建議刪除（草案第6條第3項及第6項）。
七、建議修正「行政院衛生署組織法」第17條關於健保局機關名稱，並刪除「全民健康保險法」第6條第2項關於設置健保局組織之規定。
