過去半個世紀，台灣致力於經濟建設，締造相當可觀的成績。但隨著時序跨入21世紀，世界經濟版圖上之國界限制已逐步消弭，台灣正面對來自國內、外經濟轉型之新挑戰。經過政府縝密評估後，乃決定推動設置自由貿易港區，致力整合全球運籌所需之資訊流、金流、商流及物流等環節，使企業於產品之供應、下單、運輸、銷售等跨國經貿活動上，皆能於台灣快捷完成，使台灣成為國際採購及運籌重鎮。同時於民國92年7月10日三讀通過自由貿易港區設置管理條例，並於同年月23日公布施行，使我國設置自由港區之法制體系更形完備。
本條例實施迄今已5年餘，行政院考量自由港區長期發展之需要，應將政策推動、業務協調及實際管理之機關合一，爰明定交通部為本條例之主管機關；另為提供自由港區事業進駐之利基與租稅誘因，針對現行營運相關規範未臻明確，或有窒礙難行或應予放寬之處，均予以修正，俾符自由港區國際化與自由化之需，爰擬具「自由貿易港區設置管理條例」修正草案，送請本院審議。爰就相關條文研析並提出建議如后，俾供委員審議法案時參考：（一）建議自由貿易港區管理機關之選定應徵詢被選定機關及其上級機關之同意。（二）自由貿易港區事業僱用原住民比率以百分之一為原則，超過百分之一部分即予以獎助。（三）建議刪除「設置聯合查核小組」之文字。（四）建議「特殊情形」與「管制貨品」之規定應符合法律明確性之要求。（五）建議對商務人士進入自由貿易港區從事與許可目的不符之行為者予以處罰。
