中央行政機關組織基準法自民國93年6月23日公布，並於97年7月修正公布第2條；惟因本法為推動行政院組織改造工作之主要規範，為突破或有不周及窒礙難行之處、有效解決組織改造推動相關問題，爰以彈性鬆綁的精神，因應未來行政院新組織架構之調整，同時也兼顧地方制度法修正後，中央與地方行政機關組織設計及人員交流之衡平性，行政院、考試院原於97年2月21日將「中央行政機關組織基準法部分條文修正草案」函送本院審議，以配合行政院組織法修正所做之調整修正。復因政黨輪替後，行政院、考試院復於98年4月30日來函撤回前開版本，另會銜函送「中央行政機關組織基準法部分條文修正草案」至本院審議，除配合組行政院組織之調整，並對基本架構再做幅度較大的修正，全案業經交付司法及法制委員會審查。
本草案朝強化組織鬆綁彈性調整之原則修正，惟仍有幾項問題待進一步釐清，本文從立法制衡角度觀察，就尚有討論空間的議題，如放寬三級機關以下之政府組織以行政命令定之之影響；刪除機關總數及內部單位總數限制，形同總量管制空洞化；中央行政機關組織合理規模之探討；增列機關跳級設立恐破壞組織層級節制體系，且紊亂組織立法監督功能；增加一級機關副幕僚長無必要性，且易破壞文官長制度；獨立機關之獨立性特質影響其運作，其與行政及立法部門亦尚在磨合期，其組織設計、成員任免程序及要件等應趨向嚴謹；臨時性機關管制規定等問題研析，謹綜合提出相關建議如後附條文對表之建議修正條文，併供參考。
