曾文水庫為台灣最大之水庫，係為多目標利用之水庫。南化水庫，是國內以公共給水為單一目標最大之水庫，擔負大台南、大高雄地區公共用水重責。烏山頭水庫亦為多目標利用之水庫。
98年8月份莫拉克颱風侵襲，帶來大量泥砂及漂流木蓄沈積於水庫蓄水範圍內，使得曾文、烏山頭及南化水庫淤積率分別高達22.3％、22.1％、32.9％，其中以南化水庫最為嚴重。因此，為因應未來長期穩定供水機制，辦理南部災區相關水源設施之清淤、整建與新（擴）建工程，及上游集水區環境保育之相關措施，以達穩定災區供水目標，行政院爰擬具「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例草案」，函請本院審議。
本草案經評估後，發現問題及建議如下：一、為達條文表達之正確及周延性，立法意旨宜增訂「有效提升其供水能力，並加速辦理高雄地區在地水源之開發」（草案第1條）。二、中央主管機關應將執行情形及績效，每年向立法院報告（草案第3條第6項建議增訂）。三、地方執行機關為執行中央執行機關所定執行計畫所需人力，亦得比照中央執行機關辦理（草案第4條）。四、為求財源穩定，本草案支應所需經費，宜以特別預算方式編列（草案第5條）。五、焚化漂流木，宜增訂「不受消防法第14條之規定限制」及「焚化時，應有效掌握焚化範圍及防止山林火災之發生」（草案第8條）。六、攔砂壩新建計畫，應依原住民族基本法規定辦理，範圍恐過於狹隘，宜修正之（草案第9條）。玆參據上述建議，研擬條文對照表，一併供委員審查時參考。
