公務員懲戒法自74年5月3日修正公布後，迄今已近25年。此期間我國政治、社會及經濟結構均有重大變化，過去公務員因身分所受處分不得爭訟之理論，以及懲戒案件之程序保障、懲戒權行使期間、再審議期間及撤職停止任用期間等，均經大法官作出相關解釋。而實務上適用本法亦經常發生疑義，因之司法院認為自有遵循解釋意旨及相關意見，予以修正之必要，爰於89年10月、91年3月、94年11月分別將修正草案函送本院審議，惟均因故未能順利完成立法程序。經再重新檢討，並以維持現有體制為原則，於99年2月9日再將修正草案函送本院審議。
本法現行條文計有41條，經修正後擴增至71條，修正幅度及重點變化甚鉅，較諸現行條文細密周全。然而，由於本草案修正幅度擴大後，確有許多問題值得探討，經完成報告初稿後，於99年4月6日邀請司法院公懲會前委員王廷懋先生及主管機關司法院、相關機關銓敘部派代表及本局部分同仁參與座談完竣。惟本草案於4月7日經第7屆第5會期司法及法制委員會第8次全體委員會議審議後決議，除本草案第23條等12條條文保留送院會處理外，餘照案通過、修正或刪除，但須交由黨團協商。由於委員會已審查完竣，本報告僅就保留條文尚有問題部分，逐條予以分析探討；同時，對於委員會審查通過之草案條文中有與現行法律扞格部分，亦提出建議，內容如下：
一、保留條文部分：（一）懲戒權行使期間，宜依懲戒處分輕重，訂定程度不同之行使期間。（二）各主管機關均有法務或法制人員等，懲戒案件審議時宜指派是類人員為代理人，不宜再委任律師。（三）由於「移送機關」不等同於「主管機關」，為免主管機關權利受限，懲戒案件相關通知書及議決書之送達，宜增列「主管長官」。（四）本草案第41條第1項應為不受懲戒前之「,或」，宜予刪除；「免議」前宜加「非逾懲戒期間之」。（五）言詞辯論宜就職務重要性及特殊性等，分別規定委員出席人數。
二、委員會審查通過之本草案部分條文與俸給法規定衝突部分：（一）「俸給」、「俸級」宜依俸給法及相關規定用語修正。（二）「俸給總額」部分，考量懲戒處分輕重及彼此間之衡平，宜修正為「本（年功）俸（薪）」。
另外，為因應大法官相關解釋，司法院組織體系已有重大修正，其修正草案並已再送本院審議，而本草案仍維持公懲會之體制，未來仍須隨時視該法修法進度而作調整。其次，關於公務員之懲戒，尚有二個主要問題有待主管機關早日解決。一是關於政務人員懲戒問題，及依地方制度法第84條規定，民選地方首長準用政務人員之懲戒規定問題，同時法官、檢察官等，是否亦應適用不同之懲戒制度，都有必要儘速釐清。另一個則在於考績法與本法二元懲戒（處）問題。未來兩法關於懲戒（處）問題是否能統一規範，實現懲戒（處）一元化理想，實值得認真看待。
