行政法院組織法於民國90年5月23日修正施行，迄今已逾9年，此期間相關法律已有修正、變更，司法院擬配合修正相關條文。又基於每年案件受理量增多，擬增加高等行政法院法官員額，並設置法官助理（最高行政法院同時設置）、司法事務官及相關員額，以利業務需求；其次，關於調任高等行政法院法官之職等保障規定、智慧財產法院法官他調時年資併計規定，以及最高行政法院法官之任用資格等，司法院均認為應配合檢討修正，爰擬具「行政法院組織法部分條文修正草案」，於99年2月11日函送本院審議。
由於最近幾年司法院及其所屬機關員額不斷增加，且成長快速，本草案雖修正、增訂6條條文，但主要仍在於增加員額，而其員額增加幅度及人力之調配是否妥適？乃至於司法院整體員額配置問題，均有必要重新思考。否則，不出幾年，其預算員額就會突破中央政府機關總員額法規定之員額最高限，司法院對此實宜審慎以對，避免再經由修法方式增加員額最高限。
另外，本草案其他部分亦有一些問題有待討論，擬逐條予以分析探討，並就相關問題提出看法及建議如下：一、各高等行政法院既未按類別定其員額，則其應分配之總員額數，宜由司法院於總額額度內統一訂定員額配置表。二、曾任高等行政法院法官2年以上，再調任或再任高等行政法院法官者，得晉敘至簡任第12職等至第14職等。三、高等行政法院法官符合規定晉敘有案而得晉敘至簡任第12至第14職等之年資，宜包括少年及家事法院法官年資。四、基於專業久任之需，智慧財產法院法官服務年資，不宜與高等行政法院、高等法院及高等法院檢察署檢檢官服務年資合併計算，而得成為晉敘至簡任第12職等至第14職等之條件。五、本草案第10條第2項修正部分，應於修正公布後始生效，不宜溯自90年1月19日生效。六、司法事務官如具律師執業資格，於擔任該職務期間，得計入其律師執業年資。七、法律授權機關訂定之「辦法」，由機關定之即可，「由司法院以命令定之」之「以命令」為贅字，建議統一刪除。
