國防部所屬中山科學研究院，主要任務為國防科技研發及國軍主要武器系統研製，並將軍民通用科技成果技轉民間，以滿足國軍建軍備戰需求，達成國防自主為目標。
行政院為使中科院在人事、組織、預算及採購等作業上，能更有效發揮組織效能，提升營運管理績效及競爭力，經規劃該院轉型為「行政法人」，藉由人事、組織、財務及採購等制度鬆綁，導入企業經營管理模式，爰擬具「國家中山科學研究院設置條例」草案，於99年3月31日函送本院審議。本草案經提本院第7屆第5會期第13次會議報告決定：「交司法及法制、外交及國防兩委員會審查。」嗣經復議，另於第16次會議討論決議：復議不通過，照原決定處理。
為使本草案內容更為周延，本報告除就國防工業與科技、國防科技工業委託民間經營之緣起與內容、我國行政法人制定經過及內涵、行政法人建立公開有效透明監督機制、行政法人相關法制應速建立、中正文化中心改制行政法人之問題、中科院成立沿革、中科院組織及職掌、中科院有改制行政法人之必要性等予以敍明外，並就如下問題探討，並提出修正建議，俾供委員審查本草案之參考。
一、為避免外界質疑國科院成為老人安養中心，專任董事之人數應予限制，不得逾董事總人數3分之1(草案第7條第2項)。
二、為減少政府對行政法人不必要之監督與干預，監督機關聘任政府相關機關代表為國科院董、監事之人數應予限制，均不得逾董監事總人數3分之1(草案第7條第2項，第8條第2項)。
三、為確實保障董監事之專業性，應授權明定渠等之資格、公開徵選、遴聘、解聘、補聘與薪酬之方式及其他相關事項之辦法(增訂草案第9條第2項)。
四、為避免國科院之董、監事及董事長年齡過長，致可能淪為退休人員或選舉酬庸之用，妨礙業務之推動，應有任職年齡之限制(增訂草案第9條第3項)。
五、國科院訂定年度營運(業務)計劃及其預算，應報請監督機關核定(草案第21條第2項)
六、國科院預算接受政府核撥經費超過20%，除年度預算應送到立法院審議外，必要時每年亦需向監督機關提出營運分析報告，並送立法院備查，必要時立法院得邀請董事長等報告營運狀況並備質詢(草案第21條第3項)。
