隨著兩岸人民往來交流發展，關於兩岸互設辦事處議題之討論，即孕育而生。近來，總統在2012年就職大典的前夕，亦是海基會搬遷典禮的場合上，首次正式提出未來希望推動「兩岸兩會互設辦事處」議題後，該議題即成為兩岸之間備受注目的焦點，就此，政府相關部門也因應總統之談話，積極規劃推動相關作法。
依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第6條規定，關於大陸地區處理兩岸人民往來事務之法人、團體或其他機構在臺灣地區設立分支機構，其設立許可事項，應以法律定之。爰行政院擬具「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在臺灣地區設立分支機構條例草案」送本院審議。本報告經研析上開草案內容後，提出下列建議，俾供本院委員於審查本法案時之參考：
一、制定本草案之立法程序與兩岸簽署互設機構之協議送請立法院審議，二者間先後順序相關概念，宜適度釐清。
二、草案名稱未符兩岸條例第6條規定意旨及草案立法目的，應予修正。
三、許可大陸在臺設立分支機構之實質要件應於草案中明定；涉及技術性或程序性事項者，始得授權主管機關訂定辦法規範之。
四、隨行家屬之概念應釐清並明定。
五、應強化大陸在臺分支機關或人員之保障或便利措施與草案所定許可設立之基本原則間之緊密關聯性。
六、增訂大陸在臺分支機構人員具有尊重法令義務及營利活動禁止之規範。
