農田水利會組織通則於1965年公布實施，其目的主要係在規範及促進農田水利會之運作，以秉承政府推行農田水利事業。惟近年來氣候變遷，年雨量分配不均，更於2002年發生缺水危機，使得掌握我國7成水資源之農田水利會備受注目。走過殖民威權統治，到民主時代，台灣灌溉系統的治理，展現了難得一見的制度韌性。
由於農田水利會組織從日據時代開始，這個治理體系結合了制度經濟學中最適治理疆域以及公私合產兩大原則，並嵌入複雜的政治經濟情勢變化，大幅改變了地方政治的風貌。行政院為積極運用農田水利會現有資源及設備，提升其營運績效及財務能力，開放農田水利會從事或投資其他事業，卻未規範應以不妨礙農田水利事業興辦為原則，恐影響政府所賦予農田水利會之義務。另會務委員名額將影響該農田水利會會員權益，應予明定應選名額，以茲明確。至於會長參選資格過於嚴苛，致使優秀農民無法共同參與等問題，經研析建議如下：
一、農田水利會之設立，由具灌溉或排水需求且持有一定土地面積以上者發起並組織籌備機構。
二、明定在不妨礙農田水利事業興辦及其任務，並經主管機關核定後，農田水利會得從事或投資事業。
三、明定核定各農田水利會會務委員應選名額之標準。
四、刪除農田水利會會長候選人經歷之資格限制。
五、登記參選時有第20條各款情事者，應予解除職務或職權之規定，移列第40條，以符體例。
