現行專屬規範宗教團體之監督寺廟條例，僅以佛、道等我國傳統宗教為適用對象，且制定之時代背景與當今社會現況已有不同，無法因應需要。為回應社會各界要求推動立法規範宗教團體之建議，同時兼顧宗教界希望政府尊重宗教組織自主、自律原則之意見，行政院爰擬具「宗教團體法」草案，於民國104年6月22日以院臺綜字第1040136237號函送本院審議。惟依我國憲法第7條、第13條及第14條，明文規範人民有信仰宗教及結社自由，無分宗教在法律上一律平等，原則上只要符合我國憲法第23條所規定的合憲檢驗標準，但要注意宗教團體自治及國家宗教中立與寬容問題。國家對宗教團體自治事務，應採取不干涉介入的態度，國家比較能主動積極維護或促進的，應是宗教團體自治事務以外的自由、多元、開放的環境，使各種不同的宗教信仰得以自由開展，國家不能帶著多數主流的偏頗價值判斷以積極作為，可能造成實質違反宗教中立或宗教平等情況。經研析後提出以下修正建議，俾供本院委員於審查本法案時之參考：
一、調整本法立法目的之用語，俾符憲法保障宗教自由及其派生之原則意旨。(第1條)
二、規範宗教法人名稱使用妥適之必要性得予以斟酌。(第4條)
三、宗教團體管理組織成員之限制規定有待商榷。(第13條、第14條及第48條)
四、宗教團體內部組織結構、人事應享有自主權，國家介入須審慎(第15條、第16條及第17條)
五、規制宗教法人財產運用、處分及設定負擔必要性宜再三斟酌。(第20條及第54條)
六、規範宗教法人之會計基礎及檢具財務報告應符合比例原則。(第22條及第23條)
七、對宗教團體之稅捐優惠，宜考量與非宗教團體間公平性問題。(第27條)
八、宗教法人合併宜採報備制。(第31條)
九、宗教法人解散後其賸餘財產的歸屬之商榷(第36條)
十、宗教法人擅自將耕地變更使用或閒置不用之罰則似須與農業發展條例罰則規定一致。(第53條)
十一、對宗教團體將設立登記財產、孳息及其他各項所得之盈餘之分配行為予以處罰，其必要性待商榷。(第55條)
