2016年4月間彰化縣政府拋出鄉鎮市長由民選改為官派議題，認為改制官派後有節省公帑、消弭地方派系介入選舉、加速推動政策效能等優點，惟在「中彰投苗區域聯合治理平台」提出討論時，各地方首長意見不一。台中市市長認為，鄉鎮市長是否存在，應尊重非直轄市縣市的意見，且須重新建構中央與地方關係，中央應放權讓利，否則仍無助改善地方困境。南投縣縣長表示，尊重中央決定。苗栗縣縣長則持保留態度，認為鄉鎮市長改為官派利弊互見，基層鄉鎮市長的產生可說是「百年共業」，不應輕率討論就決定官派，必須集思廣益再做定論。
依據地方制度法規定，我國地方行政區劃，鄉、鎮、縣轄市是最基層的地方自治團體，具有民選的地方首長、民意機關及自治財源。該法規定人口聚居10萬人以上、未滿30萬人，符合一定條件之地區得設縣轄市；鄉鎮無規定設立標準。區則為直轄市或市下的劃分，非地方自治團體，區長由所屬市長指派，不設民意機關。在縣市尚未合併、升格為直轄市(俗稱六都)前，台灣地區（含金門、馬祖）共有319個鄉（鎮、市）；合併後只剩198個鄉（鎮、市）。
關於地方基層自治團體首長是否由民選改為官派之提議，早在1996年國家發展會議中已有結論，有關地方自治的共識是精省及取消鄉鎮市的自治選舉，爰1997年行政院會議通過「省縣自治法修正案」，然卻未送立法院。顯然取消實施鄉鎮市的自治選舉，對於政治衝擊過大，社會仍未達成共識。如鄉（鎮、市）長由民選改為官派，將由縣長依「公務人員任用法」任用，即稱之的「官派」，各鄉（鎮、市）不再是自治法人，而只是一個行政區劃單位；鄉（鎮、市）公所依現行法令改稱為區，為縣的派出機關，當然改制後的區長必須具有公務員資格，縣長依法任用之。
鄉（鎮、市）長民選與官派均有其支持論證，也自有其道理並可在各自的政治訴求中找到理論的支持。其實地方首長改制議題，不僅是牽涉到當屆首長的政治前途，尚會涉及到當地地方自治法人地位是否應該予以維持，做為最基層的自治團體，其草根民意管道改制後是否仍然暢通，似是此議題討論時，應併同考量。
(一)贊成改制官派之理由：
1. 官派鄉鎮市長沒有選舉壓力，更可縮減政府層級，提升行政效率及強化財源的合理公平使用，可節省選舉經費。
2.六都之區行政效率與經費運用效益高於鄉鎮；利於砍斷黑金政治與地方派系政經聯盟關係。
3.目前六都加上基隆、新竹、嘉義3個省轄市，人口數占全國3/4的人口，共1719萬人，這些地方已無鄉鎮市長選舉，自治機關改成派出機關的區公所；反倒是剩下1/4人口的其餘13個縣、198個鄉鎮市，依法還要選舉鄉鎮市長及代表。
4.目前高達8成的鄉鎮市自主財源都未達20％，需仰賴上級縣市政府補助的情況下，所謂地方自治從何而來？鄉鎮市幾無自主財源、加上行政區劃混亂，導致基層鄉鎮公所業務細瑣化，更造成資源重複虛擲浪費。
5.鄉鎮市基層選舉最大問題是地方派系介入，派系政治掌控地方政經資源，造成對立且破壞地方和諧。取消鄉鎮市級的基層選舉制度，可避免黑道與地方派系掛勾，藉由基層選舉「漂白」，並利用預算審查權來脅制地方政府，或掩護其不法行為。
(一)反對改制官派之理由：
1.取消鄉（鎮、市）長民選，雖可強化縣鄉（鎮、市）間政治溝通、行政效率，但弱化草根民主、限縮在野黨地方政治生存空間，反助長轄區內政治對立與衝突。
2.民選鄉（鎮、市）長有選票壓力，必須提升服務品質以獲取認同，執政視角必須著重地方意識與地方需求；官派鄉（鎮、市）長職位則變為公務員性質，人選可能來自其他區域，欠缺社會連帶關係、地方認同及歸屬感，不利基層民主及地方特色發展。
3.官派鄉（鎮、市）長改制為區長並從而取消鄉（鎮、市）民代表會，未來任命區長並不需地方民意機關同意，則台灣地方到中央層次民主選舉將出現制度缺口。
4.鄉（鎮、市）級選舉就是最直接的地方自治，也是草根民主之實踐。英、美、日及世界各民主國家，大多維持基層鄉鎮市選舉，擴大民眾參與地方事務。
5.如果以基層選舉充斥黑金的理由取消鄉鎮市級選舉，根本是倒果為因。事實上鄉鎮市級選舉的惡質化，問題盤根錯節，若未能割除黑金病灶，只把鄉鎮市級選舉取消，根本無濟於事。也有不少黑金與地方派系介入縣市級或立委選舉，是否這些選舉也該廢了改成官派？鄉鎮市長改為官派，可能成為變相的政治酬庸，比較無法充分彰顯民意、滿足基層民眾需求。
6.鄉（鎮、市）長是否改制重點應在於對鄉（鎮、市）行政區重劃與整併，減少鄉鎮市數目，擴大鄉鎮市自治規模，合理分配鄉鎮市的財源，才能使地方自治更趨健全。
本文認為，鄉（鎮、市）長是否由民選改制為官派，鄉（鎮、市）長改制為區長，由具有公務人員任用資格的公務人員擔任，取消地方自治法人，並一併取消鄉（鎮、市）民代表會，因涉及地方制度轉換，變革極大，受改制官派影響之鄉（鎮、市）廣達198個（146鄉、38鎮及14縣轄市)，應採謹慎研擬配套方式因應，不宜僅從改制利弊分析就加以研判修法方向，建議應與改制議題相關之行政區劃法、地方稅收通則及財政收支劃分法等相關法律予以通盤研議，以期未來若取消基層自治法人地位時，應如何提升基層自治單位的行政效率。以期能避免以下問題：
1.現行鄉（鎮、市）行政區域規模大小不一的問題。鄉（鎮、市）改制前必須先進行區劃，平均調整各基層行政區域幅員及人口分配，以解決目前鄉（鎮、市）治理的困境。
2.檢討現行鄉（鎮、市）財源不足的問題，否則未來改制為派出機關沒有地方財政自主權，恐影響行政效率的施展。
3.檢討中央與地方的財政收支分配情形，未來直轄市、縣(市)機關均直接統籌地方自治事務，大小縣(市)之預算資源配置，縣(市)與直轄市的財政收支劃分，在在均會牽動縣(市)各自承擔未來198個鄉（鎮、市）改制為派出機關的財務支應能力，應妥慎檢討地方自治財政收支狀況及其中央政府補助款的公平分配機制。
