《宗教團體法》草案值得討論的議題略有：一、調和憲法宗教自由與宗教立法之緊張關係。二、各種宗教組織型態不同，統一規範似有難度。三、其他有關小型寺廟及財務、土地、稅負等規範意見仍待整合。以下分別簡析之：
(一)「調和憲法宗教自由與宗教立法之緊張關係」
憲法第13條規定：人民有信仰宗教之自由。有論者認為，政府不應以預防宗教亂象發生等預設性理由，插手對宗教活動進行管制。儘管內政部澄清草案內容並不過度干預組織內部運作，亦非強制規定必須成為宗教法人。然此種緊張關係勢必存在，如何謹守分際相互調和，乃首要考慮因素。
（二）「各種宗教組織型態不同，統一規範似有難度」
有論者指出，目前宗教團體已有財團法人與社團法人的相關規範，並無訂定《宗教團體法》的急迫性與必要性。亦有論者認為，不同宗教團體的性質與組織有別，如何能一體規範？顯示出因此統一規範似有難度。管見以為正本清源之計，仍應回歸《宗教團體法》草案定位問題，或許從基本法的角度切入，待各界對本法定位取得共識後，本問題自可迎刃而解。
（三）「其他有關小型寺廟及財務、土地、稅負等規範意見仍待整合」：
依《宗教團體法》草案規定，欲成為宗教法人有其資產限制，不僅數額定義模糊，對於資格不符而無法登記的小型寺廟或個人，則須由地方政府列冊輔導，亦有反對者質疑行政管制過鉅。除此之外，財務透明、土地稅負及罰則條款等規範內容，目前各界仍存有不同意見待整合。
五、 結論
大法官曾對於宗教自由作有釋字460號（財政部就供神壇使用之建物非自用之函釋）、490號（兵役法服兵役義務及免除禁役規定）、573號（監督寺廟條例就特定宗教處分財產之限制規定）等數號解釋。在人民宗教信仰自由及財產權，均受憲法制度性保障之前提下（憲法第13條與第15條定有明文），儘管大法官認為對於宗教團體管理、處分其財產，國家非不得以法律加以規範，惟亦強調應符合憲法第23條規定之比例原則及法律明確性原則。《宗教團體法》草案審議時應本斯旨，殆不落入爭議。
