(一) 公民投票在概念上而言，是直接民主的表現，而直接民主相對的概念是代議政治。因此，公民進行公民投票之直接民主應與透過選舉選出之國會議員的代議政治或代議民主間，取得民主正當性的平衡。茲以，如何落實公民投票結果之人民主權的意向，而不至於過度阻礙代議民主的議會發展，確有探討的必要。民主國會存在的價值，是在議會中透過多元意見的理性討論，以通過對國家發展或國民福祉最有利的法案。公民投票法的修正應建立在兼顧直接民意的訴求以及不妨礙國家代議政治的行使方向。
(二) 依據憲法第130條規定，中華民國國民必須年滿20歲，才有依法選舉之權。選舉是對人的選舉；公民投票是對事的投票，兩者投票行為意涵不同，公民投票之投票權人由20歲調降至18歲，與憲法並不牴觸。調整投票權人年齡屬於立法政策的考量。
(三) 修正公民投票法實施投票權人採取不在籍投票，經查實施不在籍投票的區域為全國性公民投票，基於全國性公民投票適用事項在於法律之複決；立法原則之創制；重大政策之創制或複決；以及憲法修正案之複決等4項，並不涉及地方事務之公民投票。對於全國一致的創制或複決，實施投票權人的不在籍投票，有其民主的正當性，應予以肯定，惟所採取的不在籍投票計有移轉投票及設置特別投票所二項，仍須由中央選務機關予以落實。
(四) 依據憲法增修條文第1條規定，有關領土變更案須由立法院提出，方能交由選舉人投票複決。因此，修正公民投票法第2條，全國性公民投票適用事項增列領土變更案為公民複決事項，僅是落實憲法增修條文第1條人民行使直接民權的項目。惟為求周延，建議可將憲法增修條文第1條之意旨列明，領土變更案須先經立法院提出方能交由公民複決，俾免造成誤解。
(五) 有關降低公民投票提案門檻、連署門檻及通過門檻，經查降低門檻僅限於全國性公民投票之門檻調降及以簡單多數決計算投票結果，均為立法政策之選擇，惟宜在衡平直接民主與代議民主的權力要求下，作成修法的最佳判斷。
(六) 至於公民投票如涉及侵害、變更、限制原住民族權利者，應取得原住民族及部落知情同意一節。是否區分全國性公民投票或地方性公民投票，且此一同意權，意涵未明，是在提案階段或是在連署階段或是在公民投票案成立之公告前，抑或尚有其他意涵；另有無侵害、變更、限制原住民族權利，是由誰判斷，是主管機關抑或提案人，亦屬未明。又在全國性公民投票應僅限立法原則之創制及重大政策之創制或複決；在地方性公民投票應僅限於地方自治法規立法原則之創制及地方自治事項重大政策之創制或複決。查如公民投票通過法律、自治條例立法原則之創制案，不論中央或地方政府最終均應研擬相關之法律、自治條例提案，送請立法院或議會審議通過。至於重大政策者，仍應繫於權責機關之必要處置。綜上，似不宜課予依據直接民主實施公民投票之額外的限制，如為保障原住民族權利，避免其受到公民投票結果之影響，建議修正公民投票法，中央或地方政府依公民投票結果，研擬相關之法律、自治條例提案或處置重大政策時，如有侵害、變更、限制原住民族權利之虞，應先徵詢或取得原住民族或部落意見。
