針對三級機關首長政務與常務任用雙軌制之推動，持正反意見之論者皆有，以下分述之：
(一) 支持之論點
1. 活化人才進用的管道
使負責政策擬定及推動的重要署、局，有一定比例可以引進民間專業人才擔任三級機關首長，將有助於增加三級機關首長政務人力運用之彈性，活化政府人才進用的管道。透過三級機關首長政務常務任用雙軌制的推動，一方面藉由民間人才對於業界的了解，提高政府政策決策的專業性與實務性，另一方面也可以透過民間人才的提倡與領導，將民間創新思維與跨域新知注入政府三級機關，進而讓政府政策的制定與執行，更能結合創新知識與技術的發展，符合民間的需求，並能有效解決民眾所關注的議題。
2. 確保施政理念的認同與落實
中央政府許多三級機關首長負責政策擬定和執行龐大預算，對於總統、行政院長和部會首長施政理念的落實與成敗影響深遠，加上需赴立法院進行預算審查及施政質詢、直接面對媒體進行政策溝通與辯護，因此負責政策擬定和執行龐大預算之三級機關首長，對於施政理念的認同、了解、溝通與辯護，常常是確保總統、行政院長和部會首長之施政理念與政見得以被實踐的關鍵。因此，透過三級機關首長政務常務任用雙軌制的推動，將使得總統、行政院長和部會首長得以視政務推動的需要，選擇兼具專業與政策辯論能力較強的政務人員，或選擇具有行政執行能力之常任文官擔任三級機關之首長，以確保政策的擬定與執行能夠符合總統、行政院長和部會首長之施政理念，進而回應選民的託付。
3. 增加機關首長任用之彈性
依中央行政機關組織基準法第18條規定，三級機關首長除性質特殊且法律有規定得列政務職務外，其餘應為常務職務。如衛生福利部中央健康保險署，考量其預算規模龐大，且涉及健保政策擬定，對民眾生活影響甚鉅，便於其組織法明定首長政務任用，確保相關政策的推動符合民眾的需求，而機關首長也可以為政策的成敗負責。據此，針對負責政策擬定、預算規模龐大或影響政府重大施政之三級機關，採政務或常務雙軌任用制度。同時，即使條文明定採雙軌任用，政務任用僅為選項之一，常務任用仍為選項，因此將有助於提升三級機關首長任用之彈性。
(二) 反對之論點
1. 衝擊常任文官的升遷管道
雖然根據中央行政機關組織基準法第33條第4項的規定，三級機關之總數以70個為限，但由於組改仍未完成，因此目前行政院所屬三級機關共有82個，待內政部、經濟部、交通部、農委會、陸委會、環保署等6部會完成組織法修法後，將依規定進行總量管制。因此，若依人事行政總處規劃，未來政務職務之三級機關首長最多不會超過三分之一，預估最多增加20多個政務首長。雖然人事行政總處強調僅部分三級機關首長將改列政務與常務雙軌，多數三級機關首長仍將以常務任用，且雙軌制也意味著可以視需要在被列入實施雙軌制的三級機關中任用常任文官擔任首長，但即使如此，部份三級機關首長政務任用後高階文官的職缺將減少，進而減少高階文官升遷的機會。此外，從人才訓練的角度來看，當我國負政策擬定與預算規模龐大之三級機關首長採政務任用後，也代表著我國高階文官將失去在這些職位歷練的機會，而影響後續拔擢常務次長或更高階政務人才之培養。根據以上所述，推動三級機關首長政務與常務任用雙軌制，不論從人才升遷或是人才培養的角度來看，都將一定程度影響高階常任文官之升遷與發展，進而打擊公務人員的士氣。
2. 適合採用政務常務任用雙軌制之認定易生爭議
依現行中央行政機關組織基準法第18條規定，三級機關首長以常任為原則，政務為例外，目前僅衛生福利部中央健康保險署署長為三級機關政務任用的首長。人事行政總處初步研議適用原則，將負責政策研議、預算規模較大、影響部會重大施政的三級機關列為首選，未來除負政策制定責任較重之「署」外，部分業務規模較大的「局」，其首長也會考慮納入以政務任用其首長，初步規劃包括健保署、體育署、青年發展署、移民署、營建署、國產署、國庫署、賦稅署、國健署、漁業署、農糧署、社會及家庭署等「署」，以及竹科管理局、中科管理局、南科管理局、國貿局、工業局、觀光局等「局」之首長未來都考慮採政務常任雙軌任用。然而這些署、局之政策制定責任要多重或是預算規模要多大才將其列入雙軌制的適用署局名單中，似乎很難界定出客觀而能一體適用之標準，但若是採取主觀認定，又容易被質疑名單之擬定政治凌駕專業。此外，執法機關像是法務部所屬之調查局、廉政署、行政執行署，甚至最高檢察署等三級機關的首長，是否適合採用政務常務任用雙軌制，在政策研擬與制定的過程中，也將可能出現爭議。
3. 衝擊專業人才與政策的穩定性
高階文官係扮演國家重要政策的規劃與政策執行的角色，與政府效能的提昇息息相關，亦與國家競爭力的提昇密不可分。考試院亦積極培訓我國高階文官的專業優質能力，制定「高階文官培訓飛躍方案」，訓練高階文官一般職能與優質核心職能。目前我國文官制度之下，公務人員在一定領域內經過長時間的歷練，絕對具有政策制定與業務執行之專業，對政策的熟悉度與業務推動之實務亦比外部人士為優，更能瞭解與掌握政府整體狀況，貫徹政策之執行。但是三級機關首長政務與常務任用雙軌制的推動，雖然可以增加三級機關首長任用之彈性，但卻也可能流於政治酬庸，除了將引發不良觀感而衝擊民眾對政府之信任與滿意度外，由於外部人士對於政策運作、法制規範與官僚體系之了解與掌握皆不如常任文官，甚至將可能有礙政策執行的穩定性，並影響文官行政中立的核心價值。
