(一) 兩稅合一之立意在於建立低稅負投資環境、降低稅制對企業財源籌措方式之影響以促進資源合理分配、降低公司藉保留盈餘規避股東稅負誘因，建立公平合理稅制，同時提升國家競爭力。然而，由於採行設算扣抵制並對未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅，屢有使稅制複雜化、稽徵與依從成本過高及不符租稅中立之議。
(二) 事實上，國際間原採行設算扣抵制國家，近年來已有多數國家改採或兼採部分股利免稅制或全部股利免稅制或按較低稅率分離課稅。又我國現行外資股利所得係採取分離課稅，稅率20%，國內自然人股利所得併入綜合所得稅課徵，累進稅率最高45%且可扣抵稅額減半扣抵，造成內外資稅負過度不均衡。是以，不論就避免股利所得重複課稅、國際發展趨勢、內外資稅負均衡之觀點，股利所得稅制容有檢討修正之必要。
(三) 為解決設算扣抵制所產生稽徵程序複雜等問題，採行股利所得就源扣繳「分離課稅」方式取代設算扣抵制，更可有效掌握稅源，對稅收亦具有穩定功能；然而，對於個人綜合所得稅邊際稅率在扣繳率（例如20%）以下者，股利所得扣繳20%恐有劫貧濟富之嫌，基於社會公平之考量，爰建議其或可選擇該扣繳稅為預繳所得稅，並將股利所得與其他所得合併計算應納所得稅額，扣繳稅得扣抵應納稅額，似為現階段較佳之選擇，以期能降低稅制復雜化並能接軌國際。
