(一) 與廢棄物清理法或其他環保行政刑法之競合適用問題
實務上，刑法第190條之1常與廢棄物清理法第46條競合，而廢棄物清理第46條第1款任意棄置有害事業廢棄物、第4款未依規定領有廢棄物清除、處理許可文件，從事廢棄物貯存、清除、處理，或未依廢棄物清除、處理許可文件內容貯存、清除、處理廢棄物，皆為行為犯，較刑法第190條之1須「致生公共危險」之「具體危險犯」，更易成罪。突顯環境刑法在普通刑法、特別刑法中，條文結構、構成要件、立法目的、法律效果等互相牽連糾葛，反映在個案之法律適用層面的複雜性。
(二) 刑法第190條之1為具體危險犯，檢察官能否具體證明「致生公共危險」，攸關法院判決之基礎
在司法實務上，常見適用刑法第190條之1流放毒物罪之案例，針對「致生公共危險」要件，檢察官能否善盡實質舉證責任，常是法院判決是否成罪之重要基礎。
(三) 「污染」行為具有長期性、累積性、集合性、混同效果，以致有解釋空間
環境污染行為有其特殊的累積性特徵，多種有害物質累積經過長時間、持續地集合，甚至不只直線地增加損害，而是超乎比例地增加，或是轉變為其他作用，對環境造成不利益的變化；但如果僅是排放微量廢水，是否構成「污染行為」？或者必須達到一定排放量，始足當之？均非無疑。
(四) 「毒物、有害健康之物」之認定，有賴於專業鑑定機構或行政機關之命令、函釋補充
認定「毒物、有害健康之物」，需尋求專業鑑定機構之協助或證據補強，亦可能需要行政命令或函釋補充，具有高度專業性。專業鑑定機構難尋或無意願，或可能技術水準不一，產生兩極化之鑑定結果，均可能是司法實務上適用刑法第190條之1可能產生之難題。
(五) 雙重因果關係證明，複雜度及難度倍增
觀諸本罪構成要件，需先證明：投棄、放流、排出或放逸毒物或其他有害健康之物，而污染空氣、土壤、河川或其他水體（第1層因果關係：投棄等行為、毒物、污染環境），後必須再證明行為「致生公共危險」（第2層因果關係）。此種雙重因果關係之證明，需要高度複雜論證，以致本罪在實務上運用之實用性降低。而實務上也發展出推定因果關係、疫學因果關係等理論，以茲補遺。
(六) 與廢棄物清理法第46條相較，本罪無罰金刑，其主刑刑度亦不比廢棄物清理法高
誠如前述，廢棄物清理法第46條第1款為行為犯，只要有任意棄置廢棄物行為，無庸「致生危險」，即可成立犯罪；再者，廢棄物清理法第46條有罰金刑（1500萬），主刑刑度為1年以上5年以下有期徒刑，均較刑法第190條之1為重。比較言之，法院適用刑法第190條之1之機率已不高，即使適用刑法第190條之1案件多有量刑過低之現象，而無法真正落實環境權之保障。
(七) 環境犯罪具集體共犯、法人犯罪等特性
環境犯罪多半是在法人形態下，由法人格內的集體多數人犯罪，常發生共同正犯（行為聯絡、犯意分擔）、幫助犯、教唆犯情形；法人又多具有營利性質，以致更有污染環境之行為動機與犯罪成因，而難以滅絕。
(八) 未來修法可能方向-代結論
普通刑法為根本大法，變動不易，而環境犯罪為新興犯罪類型，型態日漸多元，88年增訂之刑法第190條之1似乎已無法發揮嚇阻環境犯行之效果。觀諸各國立法形態，環境刑法有不同規範模式，除了在各該環境行政法中，附加行政刑罰條款外，德國環境刑法特色係在普通刑法典中設有環境犯罪專章，直接以環境法益為保護法益(納入普通刑法)；日本則有關係國民健康公害犯罪處罰法，建構環境犯罪之通則(單獨立法)，偏向公共危險犯，確立法人責任主體性(兩罰規定)，採用疫學關係理論(因果關係之推定)，以解決公害犯罪中因果關係認定之難題。
如單就本罪之修正而言，首先應檢視相對應之其他環保法規中之行政刑罰之要件、處罰刑度及罰金額度，未來本條可考慮採取行為犯之立法模式，甚至罰及未遂犯、過失犯，刑度與罰金亦應與其他行政刑法相衡平。此外，因果關係之推定或減輕，亦是可以考慮之立法方向。同時，因應法人犯罪之特性，針對其負責人與法人應設計兩罰規定，並將相關清污費用納入犯罪所得之計算，以遏阻法人繼續為營利而戕害環境。
