(一)按我國現行法制中有關財團法人之規範，僅於民法總則編設有原則性之規定，缺乏對於其組織及運作之監理規範，各主管機關雖訂定相關之職權命令或行政規則，惟其規範內容不僅無法因應社會變遷，且有違反法律保留原則之虞，尤其是政府捐助成立的財團法人，其資產來自於政府，為全民之財產，與一般民間捐助成立的財團法人不同，國會及相關主管機關自應對其採取較高規格的監督與管理，以避免各項流弊的滋生。雖然目前實務上許多政府捐助之財團法人已有專法規範其設置、組織及運作等相關事宜，例如財團法人原住民族文化事業基金會設置條例、財團法人國家同步輻射研究中心設置條例及財團法人國家實驗研究院設置條例等，然為建構財團法人周延之法制環境，政府機關有效率處理財團法人之許可設立及監督事宜，確實達成財團法人積極從事公益、增進民眾福祉之目標，仍宜制定專法規範。
(二)目前針對財團法人之監理，除了前述民法規範內容不足的問題外，現行法制下未區分「政府捐助之財團法人」與「民間捐助之財團法人」，依其性質不同予以適當管理，因此，為杜絕弊端，宜針對前者為高密度之監理，而針對後者，則可採取低密度之監理，避免作過多限制，並依私法自治原則鼓勵自治，尊重其章程自由，以確實達成鼓勵財團法人積極從事公益、增進民眾福祉之目標。
(三)在現行法制下，對於財團法人之資訊公開、財務管理、人事制度，以及退場機制等之相關規範均顯薄弱，因此，宜透過設立專法方式，建立資訊公開機制，明定公開原則，以透過公眾監督之方式導引其健全發展；明定財產保管及運用方法，並建立會計內部控制及稽核制度，以強化其財務管理機制；明定董監人數任期、職權及消極資格，以健全其人事制度，防堵財團法人利益遭受不法謀取；明定廢止許可要件、合併制度及休眠法人之處理機制，建立完整退場機制。
(四)針對政府捐助之財團法人之監理，依預算法第41條第3項及第4項規定，各部門投資或經營之其他事業及政府捐助之財團法人，每年應由各該主管機關就以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理後，分別編製營運及資金運用計畫送立法院。政府捐助基金累計超過百分之五十之財團法人及日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，每年應由各該主管機關將其年度預算書，送立法院審議。然而社會上對於政府捐助的財團法人之人事任用、董監薪酬，以及接收日產財團法人定位等問題，仍經常提出質疑，建議政府應加強監督的呼聲不斷。因此，亦宜明確規範董監薪酬，原則上應為無給職，並禁領雙薪，而針對接收日產財團法人宜明確其地位，視為政府捐助之財團法人，以加強政府監督。
(五)近年來，世界各國政府多面臨人力與預算短缺的困境，因此許多民主國家的公共組織，皆朝向類型多元化的方向設計，不但在政策執行上較具彈性，亦有利於達成公共目的，政府捐助成立財團法人即為其中之一種型態。然而囿於法制面的缺乏周延，以至於政府捐助財團法人的相關人事、財務問題經常引發爭議。因此對於如何強化財團法人的監理，一直以來均是民眾關注及熱烈討論的焦點。經查行政院雖早於96年間即擬具財團法人法草案送請立法院審議，本院委員亦有許多相關提案，惟未完成立法程序，可見其爭議性及複雜度。縱使如此，仍宜儘速制定專法規範，尤應強化政府捐助財團法人之監理，以確保公共利益，落實民主治理。
