（一）應積極整合相關領域風險管理機制，作為我國後續訂定食品安全科技政策及綱要計畫推動之依據
我國食安問題所涉及的主管機關，包括農委會（農業生產階段的農漁畜產品安全）、衛福部（加工流通之食品安全管理）、經濟部（食品相關之國貿業務、工廠輔導管理）、環保署（廢棄物處理）、財政部（食品通關查驗及電子發票）、行政院消保處（食安消費者保護）、教育部（校園食品安全管理與教育）、內政部（查緝非法食品並配合稽查）、行政院海巡署（查緝農漁畜等產品走私）等部會。惟其中涉及與食品安全相關之政策、食品安全衛生管理法等法規制定和食品安全管理及推動之主要權責和運作平台，仍歸屬於衛福部食藥署予以統合主導之。另後續政府各部門之涉及其食品科學技術領域發展，則由各部會負責配合訂定之，期能在科技目標、策略及經費資源規劃下，得以落實執行之，即有關於我國食品安全科技政策與綱要計畫的推動，各主管部會應依政策目標並明訂其推動食品安全相關之各項中程綱要計畫，並依據階段性工作目標和計畫，據以行動並管考績效，而為食品安全整合相關食品安全領域風險管理機制之平台基底。
（二）應強化我國食品安全風險評估與架構推動運作平台
我國政府在食安風險評估層面上，仍有諸多不足之處。參考日本之「食品安全委員會」，係獨立設置在內閣府層級，其中成員必須經日本參議院和眾議院同意後始為任命，每次任期為3年，且在任期中不得兼任其他有酬勞之相關職務，以提升其委員會之公正性；其次日本「食品安全委員會」旗下設置食品添加物、農藥、微生物、肥料(飼料)、動物醫藥和基因改造等12個專門調查委員會，以及健康食品等5個專題調查委員會，每週開會一次，會議審議過程均採公開制，以提升該委員會運作之透明度。因此，我國除參考日本「食品安全委員會」之運作外，似可衡酌考量國情和實際需要，再予強化現行之運作績效。
（三）應積極推動我國食品安全科技計畫之績效管理機制
1.訂定指標並應納入「風險分析」概念，同時配合各部會定位與目標。即在訂定與食品安全相關之績效衡量指標時，應考量食藥署及相關部會所扮演的角色，並思考指標呈現與運用的方向，以及各構面所能達到的短、中、長期不同階段性目標。
2.訂定可行之衡量指標，並配合施政目標及計畫成效。即考量我國食品領域科技計畫之特性、我國所屬機關權責、施政目標、需求及現況，並納入食品安全所必要之風險分析機制思維，作為我國未來或可在推動食品安全研究計畫之績效管理時，得以風險評估、風險管理及風險溝通等三大構面為主軸，根據個別工作任務所需、及總體性現況掌握之必要性，規劃適合之績效衡量指標，並因應短中長期施政目標的範圍，發展設計適合的績效衡量目標體系。
3.產業提升從業者食品安全認證的普及率。即為吸引更多食品業者參與GMP自願性認證，建議增加誘因，儘速將GMP與工業局推動之MIT標章結合。另對未達GMP標準的業者，則應設定食品安全基本門檻以利管理。同時，政府應該提供業者升級投資的低利貸款與獎勵辦法，以提升食品安全認證的普及率。
4.政府提供完備法源及充足資源配合政策的執行。即現行法規應作「與時俱進」的修訂，得以付予相關單位執行的權責，例如食品業者的強制登錄及衛生警察的設置。另各級政府在食品安全的稽核、輔導、研發與教育等的執行，配合投入相當的人力與補助經費，以確保執行力與品質。同時，在中央則需設置專責的政務委員協調部會的需要，提升政策執行的效益。
5.各方凝聚共識，善盡社會責任。即從消費者保護委員會方面，應針對食品安全問題型態，和現行法規因應予以建議修訂，務求消費者受到更週全的保護。另亦可結合媒體言論，提供公正與正確的訊息，避免社會的誤解與恐慌。此外，政府與產業部門應成立食品安全法規研究中心，透過專責第三單位，研究歐盟等先進國家之食品安全發展，並推動產業自主管理，打造與世界法規接軌的源頭管理平台。
