(一) 高放射性廢棄物最終處置設施場所選址問題尚乏法律位階規範
放射性廢棄物指具有放射性或受放射性物質污染之廢棄物，又分成高放射性廢棄物及低放射性廢棄物（參照放射性物料管理法第4條規定、放射性物料管理法施行細則第4條規定）。
衡諸我國現行法制，訂有「低放射性廢棄物最終處置設施場址設置條例」（下稱選址條例），但高放射性廢棄物最終處置設施場所之選址僅有原子能委員會（下稱原能會）於2015年4月24日發布施行「高放射性廢棄物最終處置設施場址規範」，及2005年8月依放射性物料管理法第21條規定授權訂定「高放射性廢棄物最終處置及其設施安全管理規則」。相較於低放射性廢棄物，高放射性廢棄物之危險性更高，其最終處置場所之選址卻無法律位階之規範，有違法律保留原則。
(二) 新設行政法人以掌管放射性廢棄物最終處置設施之選址、設計、建造、維護、監管等業務之妥適性問題
法國目前核能發電占比高達76%，為當今全世界核能發電比例最高國家，且為全球最早成立放射性廢棄物專責單位—法國國家放射性廢棄物管理專責機構ANDRA（1979年由法國原子能委員會成立，1991年依據放射性廢棄物法(Waste Act)授權提升為獨立專責機構，管制機關為法國原能會）。其經費主要是由法國電力公司和法國燃料公司等核廢料產生者提撥，既確保其財務穩定，也確保核廢料生產者與管理者間的權責分離。
行政院於2016年11月18日函送立法院審議之「行政法人放射性廢棄物管理中心設置條例」草案第2、3條規定，以新設行政法人負責辦理放射性廢棄物最終處置設施之選址作業、設計、建造、運轉、維護及其封閉、監管等業務，取代目前由台灣電力公司（下稱台電公司）辦理選址作業之情形，其監督機關為經濟部。經濟部就有關核廢料之事項，係居於「管理及監督」之地位，與該行政法人負責「執行」，彼此業務有明顯區隔（該草案第3條立法說明參照）。
在台電之外，新設一個行政法人辦理放射性廢棄物之管理，雖可避免台電兼具核廢料之生產者及管理者之角色衝突，然而，台電為經濟部所屬國營事業，該行政法人之監督機關又為經濟部，角色衝突之情形只是從台電移至經濟部，是否妥適？再者，經濟部主導經濟發展政策，而核廢料之處（管）理屬能源政策或環境保護（管制）之問題，參考法國放射性廢棄物管理專責機構係由原能會監管之體制，我國新設行政法人負責辦理放射性廢棄物最終處置設施之選址作業、設計、建造、運轉、維護及其封閉、監管等業務，宜否由經濟部監督？不無疑義。又行政法人在我國之運作仍非成熟，以核廢料對國民生命健康財產可能產生之重大風險，宜否由在我國尚非稱成熟之行政法人組織辦理相關放射性廢棄物之選址、監管業務，人民對其信賴程度如何？均仍待商榷。
(三) 放射性廢棄物最終處置設施候選場址之決定援用公民投票法相關規定之可行性問題
放射性廢棄物最終處置設施之選址，最值得我國參考的是南韓經驗。南韓也曾歷經激烈的抗議，2004年南韓政府記取過去慘痛教訓，對低階核廢料處置場選址過程，改採法制化、協商、回饋、自願及公投等民主機制；2005年3月，南韓國會通過「中、低階核廢料處置場申辦地區支援特別法」，主要內容包括：提供場址所在地及鄰近鄉鎮3,000億韓元（約3億美金）回饋金，以及地方政府每年可隨核廢料處置量收取手續費(85億韓元)，由地方統籌運用於振興地方發展。另由中央相關部會首長組成「支援委員會」協助地方發展，政府並承諾將韓國電力事業總部遷移至場址所在地，彰顯與地方共存共榮的決心。2005年8月底，南韓各地方政府依據前述特別法，計有群山市、慶州市、浦項市以及盈德郡4鄉鎮，向政府申請自願設置低階核廢料處置場。4個地區同時辦理公民投票，投票結果慶州市民眾以70.8%投票率、89.5%同意而勝出，其他未獲選的3個鄉鎮，居民支持度也都在67%以上。顯見南韓政府在選址作業的宣傳溝通、回饋與相關配套措施，已成功的說服民眾接受低階核廢料處置場。
依我國法制，高放射性廢棄物最終處置設施選址並無法律規範，當然亦無公民投票機制，有所不妥；至於低放射性廢棄物最終處置設施之建議候選場址，明定須經公投同意後，得為候選場址（選址條例第11條）。其特色在於強制進行地方性公投，不受公民投票法（下稱公投法）第2條事項之限制；公投預算由經濟部編列；公投之公聽會及投票程序，「準用」公投法之規定辦理；地方性公民投票之結果、罰則與行政爭訟事項「依照」公投法相關規定辦理。選址條例納入地方性公投之立法目的係在擴大民眾參與、深化民主決策。然而，回顧選址條例立法過程，其設計從沒有地方公投制度到反對性公投（反對方提案）到贊成性公投，依公投法第30條規定之超高門檻（投票數超過總數1/2及有效票1/2以上同意），公投案極容易被否決，主辦機關及地方政府耗費大量成本辦理一場非常不容易通過之地方性公投，其效益如何（韓國公投門檻較低（只需1/3投票率），且接受通訊投票，較易通過）？再者，各地方政府可自行制定公投自治條例，使放射性廢棄物選址案之公投成功與否，繫諸於地方政府態度，有關放射性廢棄物之地方性公投制度之具體規範是否由中央主辦機關統一規定為宜？又依選址條例第11條第1項規定，建議候選場址之公告期間屆滿後30日內，地方政府應辦理地方性公投，但地方政府之作業準備時間是否充分？均使放射性廢棄物最終處置設施候選場址之決定，援用公投法相關規定之可行性產生疑義。
綜上，針對放射性廢棄物最終處置設施之選址，如擬採用公投機制作為民眾參與機制，似應於放射性廢棄物處置法規中充實相關規範，做有別於公投法規定（包含可決數、準備期間等）之設計，並授權中央主管機關制定相關法規命令，以利公投機制之有效運作。
(四) 放射性廢棄物最終處置設施選址程序中之地方政府（首長或地方民意機關）角色問題
德國為聯邦國家，依德國法制，聯邦放射線防護署於設置相關設施時，應得各邦主管機關之許可，各邦主管機關需以計畫確定程序進行之（聯邦原子力法第9b條）；而日本特定放射性廢棄物最終處置法規定，在最終處置設施設置之各階段程序中，經濟產業大臣於各階段，應聽取並尊重所在地管轄之都道府縣知事及市町村長意見。
我國法制，低放射性廢棄物最終處置設施之建議候選場址之選址方式分成2種（雙軌制），一為選址小組建議，另一為地方縣市政府自願設置，只有在地方政府自願於轄區內設置處置設施者，才規定應經該縣（市）議會及鄉（鎮、市）民代表會議決通過（選址條例第9、10條規定參照）。在主辦機關組成選址小組建議候選場址之情形及高放射性廢棄物最終處置設施之選址程序中，地方首長或地方民意機關之意見扮演何種角色，並無明文。此部分涉及中央與地方權限界線之憲法問題，法制上應予明定為妥。
(五) 放射性廢棄物最終處置設施場所之興建適用環境影響評估法相關規定之可行性問題
依環境影響評估法第5條規定，核能及其他能源之開發及放射性核廢料儲存或處理場所之「興建」，對環境有不良影響之虞者，應實施環境影響評估。針對低放射性廢棄物部分，其環境影響評估應依選址條例第13、14條規定辦理，即依環境影響評估法第7、8條進行第一、第二階段環境影響評估；而高放射性廢棄物最終處置設施之設置，須經過「潛在處置母岩特性調查與評估階段」、「候選場址評選與核定階段」、「場址詳細調查與試驗階段」、「處置場設計與安全分析評估階段」及「處置場建造階段」等五個階段，目前我國尚處於「潛在處置母岩特性調查與評估階段」，是否每個階段都要進行環境影響評估？則乏明文規範（蓋環境影響評估法第5條僅及於「興建」行為，並無及於母岩特性調查等階段）。
綜上，環境影響評估對放射性廢棄物最終處置場所之選定具有重要參考價值，與一般開發行為之環境影響評估相較，更具專業性及長期性（蓋放射性廢棄物之最終處置可能存放數萬年），法制上似應於放射性廢棄物最終處置場所選定相關法規中，予以特別規範相對應、更為嚴謹之環境影響評估程序，而非直接引用環境影響評估法規定，只有在部分情形無規定或規定不足時，方才適用環境影響評估法規定予以補充。
