(一)高等教育深耕計畫簡介
「高教深耕計畫」於明（107）年開始實施，比現行3項高教計畫（頂大、典範科大及教學卓越計畫）的總經費118億元高出55.7億元，其中二成經費將依各校規模提供基本需求，八成經費用來發展大學特色。
「深耕計畫」分兩部分，第一部分用於「全面提升大學品質與多元發展」，包含整體教學創新、學校特色、高教公共性及社會責任等，約88億元，各校須將五成的經費用在教學創新，其他則是讓學校發展特色，如重視研究、國際研究、產學合作等。計畫中，特別將「大學社會責任」獨立出來，共有12億元，乃是希望大學除專注於學術與實務外，也能和企業或當地政府有所合作，並與在地產生連結。此外，「支持及協助學生發展」經費則是鼓勵大學募款幫助弱勢學生，只要募得1元，教育部就跟著補助1元，共計13.7億元。
第二部分在於「追求國際一流及強化研究能量」，包括「國際競爭」與「研究中心」兩項，共計60億元。國際競爭部分是具研究能量的大學（性質類似目前頂尖大學）才有辦法申請到經費，申請門檻資格預計8月公告，預計有申請資格的校數不會超過現在的12所頂大。而研究中心則是教育部和科技部首度合作，由科技部補助7億元，以20億元規模來幫助尖端研究發展，未來將由科技部訂立主題，各大學可跨校合作解題。
此外，為延攬及留任優秀人才，學校可運用計畫第一部分補助經費之20%作為人事費（限於新聘專任教師，改善大學師資結構）及彈性薪資（現有及新聘人員）使用。獲得「國際競爭」及「研究中心」（第二部分）經費補助之學校或研究中心，為提高延攬國際優秀人才之機會，也可以運用20%經費作為彈性薪資。
(二)相關問題探討
1.管理似乎過於一致化
聯合報願景工程首度針對全國公私立大學校長進行調查，其中高達八成六的校長直言，教育部「管太多」，九成八大學校長希望台灣高教朝向自由化發展。清華大學校長指出，目前各大學除了科系組合不同、水準不同，其他全部都一樣，包括制度、費用等，幾乎是大同小異。台灣高教管理過於一致化，就好比全國的醫療系統，全部只剩下診所一樣，國人看一般的病，都有不錯的水準，可是「急重症」卻無法發展。台灣將很難有很好的大學，缺少突破性的人才，以進行高端產業的發展。台灣科技大學校長亦表示，要辦好學校，經費是關鍵，但教育部很多經費都是競爭型經費，學校為了爭取計畫經費，教學研究和產學方向都必須配合計畫的方向走，就成為一種「強力制約」。
2.欠缺常態預算，恐不利深耕
交通大學校長表示，「高教深耕計畫」應該依大學的使命（mission）編成常態預算，而不是由短期計畫一年一年撥錢，因為教育部官員會換人，政府也會政黨輪替，這樣一來，就缺乏對高等教育支持的一致性。教育是百年大計，不管誰掌權，應該長期支持教育，不該用計畫的方式來做。在台灣有限的高教資源下，教育部應該先把大學就任務分類，把研究、技術、教學、在地聯結等任務釐清，如此一來，自然可做常態預算的分配，讓學校把各自專精的事情做好。
台灣科技大學校長舉例說，「高教深耕計畫」雖說希望大學發展特色，但還是規定了一些方向，例如「公共化」，或要求「升等必須15%是教學升等」，其他國家是不可能這樣要求的。各校狀況不一，但為申請計畫就必須配合，因為高教深耕計畫是很大筆的經費，非得爭取不可，但最後卻導致每間學校都在做相同的事，這樣有意義嗎？大部分的教育經費，應該用「撥款」的方式，直接給予年度預算，而不是用「計畫經費」的方式，這樣各校才會更有彈性，依據自身條件發展出學校特色。
3.恐難擋教授出走潮
2014年，新加坡、香港、中國大陸等地名校，一口氣高薪挖走台大12名新任及現任教授。某中東大學甚至祭出5倍薪資搶人，更別說該校每年預算是台大30倍。台大只靠每月多3萬元的彈性薪資，杯水車薪，僅靠「愛國心」根本留不住人才。3年過去了，在全球人才大戰中，台灣似乎節節敗退。以「高教深耕計畫」來說，首年整體預算約新台幣173億元，但大陸北京大學一年預算就有人民幣173億元。以台大為例，一年經費相當於蘭州大學。台灣教授薪水不如人，香港教授薪水是台灣3至5倍，加上退休金未來縮水，優秀教授可能出走。行政院雖說要幫教授調薪，仍只限少數人的彈性薪資，看不出「深耕」。國內大學近日瀰漫著悲觀氣氛，殊不知教授出走潮正要開始。
4.疑助瀕臨退場的大學延後退場
「高教深耕計畫」規定經費的五成要用於教學，盼能提升整體高教品質。其中「落實教學創新」88億元經費的二成，將開放所有大專校院申請，再由教育部依照學校學生人數規模進行分配，被外界認為是「人人有獎」，不利大學新陳代謝，讓原本可能瀕臨退場的學校「起死回生」。對此，前工研院知識經濟與競爭力研究中心主任痛批「這是一個徹底錯誤的政策！」現今高教政策，不論是先前的「新世代高教藍圖與發展方案」，或目前推動中的「高教深耕計畫」，若只剩下想著如何讓大學存活下去，政府和大學不再對高教方向和出路存有願景和想像，才是最大高教危機。
5.恐再次流於紙上談兵
教育部指出，「高教深耕計畫」主張全面提升大學的教學品質，但絕不是「齊頭式平等」，除了各校的基本額度之外，計畫的九成皆屬競爭型經費，各大學必須各憑本事。然而，為得到教育部補助，學校都須撰寫提交計畫，容易流於作文比賽的性質。至於經費撥付後，會不會有大學只是「紙上談兵」？寫一套做一套？高教工會秘書長即指出，過去競爭性計畫績效指標過多，各校忙著紙上作業，卻無實際成效。是以，此次「高教深耕計畫」是否再次流於紙上談兵，值得關注。
6.大學能否繼續邁頂猶未明
「高教深耕計畫」之中，外界關注延續「邁向頂尖大學計畫」部分，分成國際競爭和研究中心兩項，首年經費60億元。頂大校長直言，現行頂大有12所，但教育部端出的「高教牛肉」，未來具「國際競爭」能力的大學可能減為4至5所，其他多數學校恐頓失目標，對我國整體高教發展不利。
台大代理校長說，大學要走向國際競爭，資源非常重要，以前「邁頂計畫」1年最少有1百億元，現在的國際競爭和研究中心只剩60億元。交大副校長也說，「能搶到多少經費還不清楚，但沒通過的學校就沒有了。」國立大學只能靠頂大經費，才能在研究教學上有比較大的作為，如果沒有這筆國際競爭經費，台灣的大學要談國際競爭「談都不用談」。而台科大校長預估，打國際盃的學校可能減少到4、5所，但他認為，過去經費分配已過度集中部分學校，若教育部再減少競爭學校數，恐不利提升整體高教。近幾年有不少學校朝國際化進步明顯，但在這次爭取經費恐被犧牲，建議在分配經費時，應平衡技職與一般大學名額，否則技職教育過去的努力恐白費。
(三)結論
綜上，雖然教育部信誓旦旦宣稱端出「新牛肉」，未來5年將投注868.5億元在提升台灣高等教育，每年達137.7億元的經費，比現行3項高教計畫（頂大、典範科大及教學卓越計畫）的總經費118億元還要高出55.7億元。惟經蒐集各方意見，提出以上探討後，可以窺見，「高教深耕計畫」似未脫「砸錢辦學」的迷思，恐換湯不換藥，仍存在諸多問題尚待釐清與解決。
