為因應新課綱素養導向學生於111學年度進入大學、智慧化與數位化之產業發展趨勢、STEM(Science、Technology、Engineering及Mathematics)領域人才需求提升、少子女化之衝擊、國際化帶來挑戰與機會，及呼應聯合國永續發展目標，教育部辦理高教深耕計畫，第1期自107至111年度、第2期自112至116年度，旨在持續協助大專校院提升教學與研究成效。說明如下：
(一)高教深耕計畫第1期(107至111年度)
高教深耕計畫第1期核定總經費836億元，預算數編列847.66億元，決算數840.28億元，旨在解決高等教育M型化、同質化、學用落差及供需失衡等問題；其計畫內容、執行成果及預算編列與執行概況如下：
1.計畫內容及執行成果：高教深耕計畫第1期以「發展大學多元特色、培育新世代優質人才」為願景，規劃4項計畫目標包括落實教學創新、提升高教公共性、發展學校特色及善盡社會責任。相關計畫內容及績效指標(效益項目)達成情形說明如次：
(1)深耕計畫第1部分「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」：各工作項目(或子計畫)包括主冊、附冊、附錄一及附錄二，主冊計畫旨在引導學校教學創新及提升學生學習成效，107至111年度核定補助校數各為156校、153校、147校、147校及144校。附冊落實大學社會責任實踐計畫(簡稱USR)強化大學與區域城鄉發展之在地合作以實踐社會責任。附錄一完善就學協助機制以提升高教公共性，獎勵公立大學增加招收經濟及文化不利學生，並強化學生輔導機制及建立外部募款基金。附錄二設立原住民族學生資源中心(以下簡稱原資中心)輔導原住民學生成效(自109年度起納入高教深耕計畫)。
(2)深耕計畫第2部分「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」：包括「全校型計畫」及「特色領域研究中心計畫」，「全校型計畫」旨在協助具多面向國際競爭力之綜合性大學及具特色領域國際競爭力之大學，在優勢領域建立卓越特色與全球領先地位，第1期補助國立臺灣大學、國立成功大學、國立清華大學及國立陽明交通大學4校；「特色領域研究中心計畫」聚焦優勢「特色研究」領域，強化大學特色能量之研究，培育重點領域人才。
(3)績效指標達成情形：高教深耕計畫為鼓勵學校發展特色，避免造成大學同質化，故開放學校針對各項指標依學校優勢及特色自訂衡量方式。據總結評估報告，績效指標(效益項目)總計8項，屆期達標7項，指標達成率87.5%，其中第6項指標因近年受疫情影響，學校發展特色方式亦受限制，如國際交流，爰未達目標值(詳表2-1-1)。
表2-1-1 高教深耕計畫第1期績效指標(效益項目)達成情形表
序號
績效指標(效益項目)
類型
衡量基準
達成情形
目標值
實際值
1
落實教學創新及提升教學品質（一般大學）
投入形指標(inputs)
1.建置校務研究系統並據以精進校務教學品質提升之策略(IR)。
2.開設創新與創業課程及學生學習成效。
3.建構學生學習評估指標並追蹤成效。
4.修讀程式設計課程（邏輯思考與運算）之學士班學生比率逐年成長，3年後達學士班學生50%。
5.完整建置校內畢業生流向追蹤輔導及回饋機制。
6.學生閱讀寫作能力提升及成效。
7.學生參與跨領域學習人次成長（輔系、第二專長、微學程、以學院為教學核心、跨系所整合之課程模組等）。
8.實習制度建置情形及參與專業實習之學生人數。
1,011項
1,018項
2
提升高教公共性（一般大學）
成果型或影響型指標(outcomes /impacts)
1.經濟或文化不利學生進入公立大學就讀比例逐年提升情形。
2.透過輔導機制協助經濟不利學生人數情形。
3.強化原資中心運作機制，提升原住民學生輔導成效及建構族群友善校園。
4.落實辦學公共性之責任，健全學校治理及生師權益保障，並建構校務資訊公開制度，由各校自行建立校務資訊公開平臺，配合本部政策及計畫推動重點公告校內辦學重要數據。
625項
694項
3
善盡社會責任（一般大學）
產出型指標(outputs)
各校自訂指標。
84項
110項
4
發展學校特色（一般大學）
過程型指標(process)
各校自訂指標。
406項
412項
5
落實教學創新及提升教學品質（技專校院）
投入形指標(inputs)
1.學生專業實務技術能力提升成效。
2.教師推動創新學成效之提升。
3.學生跨域習能力提升成效。
4.開設創新業課程及學生學習成效。
5.學生運算思維與程式設計能力提升成效。
6.學生中文閱讀寫作能力提升成效。
7.學生專業（職場）外語能力提升成效。
8.優化師資質量及改善生師比推動成效。
9.專任教師業界實務經驗提升成效。
10.專業及技術教師比率提升成效。
1,972項
2,016項
6
發展學校特色（技專校院）
發展學校特色（技專校院）
學校依優勢領域、特色發展如產學合作、國際化國際交流、研究能量、優勢特色及人才培育需求等，自行設定可檢核成長目標之績效指標。
1,696項
1,620項
7
提升高教公共性（技專校院）
成果型或影響型指標(outcomes /impacts)
1.經濟或文化不利學生進入國立技專就讀比率逐年提升情形（私立學校免填）。
2.經濟不利學生獲得輔導或協助之比率提升成效。
3.落實辦學公共性之責任，健全學校治理及生師權益保障，並建構校務資訊公開制度逐年提高辦學資訊公開程度。
4.強化原資中心運作機制，提升原住民學生輔導成效及建構族群友善校園。
1,307項
1,360項
8
善盡社會責任（技專校院）
產出型指標(outputs)
1.建構完善的大學實踐社會責任校務支持系統（109年度起新增）。
2.連結外部資源協助在地永續發展（109年度起新增）。
484項
544項
說 明：績效指標達成情形之計算方式，係採各校達成其自訂衡量方式目標值之數量。
資料來源：高教深耕計畫總結評估報告。
2.預算編列與執行：高教深耕計畫第1期預算數編列847.66億元，決算執行數840.28億元，執行率99.13%；第1部分(主冊學校整體發展、附冊USR計畫、附錄1弱勢協助、附錄2原資中心)及業務費合計決算數528.67億元占預算數568.66億元之92.97%，第2部分(全校型計畫國際競爭及特色領域研究中心)合計決算數311.61億元占預算數279億元之111.69%；各經費配置面向中「學校整體發展」及「國際競爭」之執行率均超逾100%，而「USR計畫」及「弱勢協助」執行率偏低，分別為64.57%及60.81%(詳表2-1-2)，主要係USR計畫中之USR Hub經費執行計入學校整體發展(主冊)，而弱勢協助則因學校對經費使用尚在磨合中、部分學校因少子化停招停辦故申請校數減少等因素所致。
表2-1-2 高教深耕計畫第1期(107-111年度)預算編列與執行情形表
單位：新臺幣千元；%
經費配置面向
總經費需求
已編預算數[A]
累計決算執行數[B]
執行率[B/A]
備註
學校整體發展
44,000,000
43,627,184
44,345,026
101.65
第1部分-主冊。
國際競爭
20,000,000
18,400,000
22,104,450
120.13
第2部分-全校型計畫。
USR計畫
6,000,000
5,600,000
3,615,660
64.57
第1部分-附冊之大學社會責任實踐計畫。
研究中心
6,500,000
9,500,000
9,055,950
95.33
第2部分-特色領域研究中心計畫。
弱勢協助
6,850,000
7,031,642
4,276,157
60.81
第1部分-附錄1完善就學協助機制。
原資中心
357,186
357,186
346,808
97.09
第1部分-附錄2原資中心。
業務費
250,000
250,000
283,680
113.47
合計
83,957,186
84,766,012
84,027,731
99.13
說 明：總經費需求839億元與核定經費836億元有落差，主要係原資中心3億元編於教育部公務預算。
資料來源：教育部(113年5月6日、6月17日及28日)提供。
3.教育部自評待加強之處：高教深耕計畫經150餘所大專校院之推動，據教育部檢討仍有部分待改進加強之處，諸如部分學校未清楚論述核心特色定位、計畫推動僅有過程性結果，尚需強化以校內大數據分析作為成果佐證檢核之機制、績效指標可設定產出型(output)或成果型(outcome)指標、全校型計畫學校在「國際學生」及「國際師資」指標相對落後「QS世界大學排名」相近之他國大學、教研人員薪資尚有提升空間、產學連結宜再強化，及研究中心偏重自然科學，宜強化人社領域等。另總結評估報告預算實現數與該計畫第2期提及前期執行數有落差等，均待檢討改進。
(二)高教深耕計畫第2期(112至116年度)
高教深耕計畫第2期以「型塑具備明確定位及優勢特色之大學，培育符應未來需求及國家發展之人才」為願景，期引導大學呼應SDGs精神永續發展，並培養學生具備適應未來環境之關鍵能力。主要工作項目包括：
1.計畫內容：
(1)主要延續第1期架構以2大部分推動，第1部分「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」包括主冊、主冊專章、附冊、附錄1及附錄2。主冊係發展學校特色並提出具體策略以培養學生關鍵能力；主冊專章為新增，分為境外學生及外籍教研人員之「國際化行政支持系統專章」，與全校導入ISMS等之「資安強化」專章；附冊仍係辦理大學社會責任實踐計畫，而附錄1及附錄2，分別為「完善經濟及文化不利學生就學協助機制」及「透過原資中心輔導原住民學生成效」。
(2)第2部分「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」包括全校型計畫及特色領域研究中心計畫，以學校優勢進行國際連結，及強化大學研究能量。
2.經費需求、預算編列與執行：高教深耕計畫第2期總經費970億元(主冊477.5億元、主冊專章共23.5億元、附冊60億元、附錄一45億元、附錄二8.4億元、全校型計畫256.6億元、特色領域研究中心95億元、業務費4億元)，而據教育部提供執行結果，112年度決算實現數182.12億元占預算數182.57億元之99.76%，其中除「業務費」因撙節支出致執行率較低，「主冊」等各經費配置面向112年度執行率均逾9成或將近9成(詳表2-1-3)。
表2-1-3 高教深耕計畫第2期預算編列與執行概況表
單位：新臺幣千元；%
經費配置面向
總經費需求
112年度
113年度預算數
預算數
決算實現數
執行率
(1)主冊(包含2專章：國際化之行政支持系統、資安強化)
50,100,000
9,159,312
9,534,588
104.10
9,248,230
(2)附冊(USR)
6,000,000
1,100,000
1,146,460
104.22
1,100,000
(3)附錄1(完善就學協助機制)
4,500,000
945,055
844,321
89.34
944,967
(4)附錄2(原住民就學輔導)
840,000
150,229
135,795
90.39
189,629
(5)全校型計畫
25,660,000
4,766,457
4,690,890
98.41
4,792,860
(6)特色領域研究中心計畫
9,500,000
1,923,006
1,843,250
95.85
1,954,888
(7)業務費
400,000
212,697
17,079
8.03
206,638
合計
97,000,000
18,256,756
18,212,383
99.76
18,437,212
說 明：1.據教育部說明附錄2之原資中心經費另由教育部公務預算支應。
2.「總經費需求」係計畫書表6。
資料來源：教育部(113年5月28日、6月17日)提供。