109年1月15日我國將「嚴重特殊傳染性肺炎」列為第5類法定傳染病、20日成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」(下稱指揮中心)，同月23日提升至二級開設，並配合疫情進展辦理防疫措施等。惟111年度我國COVID-19確診人數大幅增加，醫療體系面臨嚴峻挑戰，對此。衛福部說明因應方式如下：

(一)111年度社區疫情擴大，主要流行株Omicron感染者多無症狀或輕症，為有效利用醫療量能，指揮中心規劃訂定「COVID-19確診個案居家照護管理指引及應注意事項」，並於111年4月23日函送地方政府參依辦理。

(二)為保全公衛防疫及PCR採檢量能，儘速給予高風險族群抗病毒藥物，指揮中心111年5月26日修訂「嚴重特殊傳染性肺炎」病例定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡族群，經醫師確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性，即可研判為確定病例。

(三)111年度COVID-19全球疫情升溫，Omicron等新興變異株迅速擴散，為擴大醫療應變量能，強化輕重症分流等，指揮中心訂定疑似或確定病例分流收治原則，除原有傳染病防治醫療網應變醫院外，另將急救責任醫院、加強版集中檢疫所及居家照護等納入收治量能，並視疫情發展指示調整收治原則，以使有醫療需求民眾皆能獲得適當醫療照護。