「自然碳匯」為 12 項關鍵戰略中第 9 項關鍵戰略，「碳匯」（carbon sink）泛指自然環境中可固定及吸收二氧化碳之載體，於自然界生態系統中，常見自然碳匯如森林、草原、濕地、沿海及海洋生態系統（如紅樹林、海草床及鹽沼等），甚至城市綠地，包括種植農園及農場在內管理之土地，都可為碳匯並可吸收大量排放之二氧化碳，將碳固定於海洋、土壤與生物體中。地球上各種碳匯儲存或固定碳之能力都不相同，主要之自然碳匯領域係海洋、土壤及森林等三大領域，均可有效捕捉大氣中二氧化碳，並將碳儲存或固定住，其負碳能力有助於於減緩氣候變遷，降低衝擊生態系統。
「自然碳匯」戰略之目標效益係以當年度總增加碳匯量(二氧化碳當量)為最終效益評估指標，整體戰略內容依森林、土壤及海洋等三大碳匯領域規劃推動路徑，並據以規劃具體措施及重要工作，自然碳匯關鍵戰略策略措施，預計2030年目標達碳吸存135.75萬公噸CO2當量/年(如圖2-1)，分述如下：
(一)森林碳匯
森林碳匯路徑之推動策略架構為「增加森林面積」、「加強森林經營」、「提升國產材利用」及「強化森林碳匯相關技術科技研發能量」，預計2030年目標達碳吸存75.8萬公噸CO2當量/年，其策略措施說明如下：
1. 增加森林面積：包含：(1)辦理國有、公有及私有土地新植造林工作，以提升森林覆蓋面積及碳匯量；(2)結合流域治理工程，多元合作擴大植樹面積；(3)結合休閒觀光，推動國有農林機構新植造林等3項工作，未來除持續推動國有林劣化地復育造林、山坡地獎勵輔導造林、海岸造林及離島造林等，透過「中央管流域整體改善與調適計畫」等相關計畫，推動流域治理改善水利工程，搭配轄管土地強化植樹，增加碳匯量，透過國有農林機構土地活化，進行新植造林工作等，以提升森林覆蓋面積及碳匯量。
2. 加強森林經營：針對已有森林覆蓋之林地，透過經營林地之手段增加森林生物量及碳儲存量，同時亦可提升林木形態及質量，並導入永續森林經營概念，以友善環境之方式進行森林管理，包含：(1)推動外來入侵種移除改正造林及復育劣化林地，並加強低蓄積人工林撫育更新，以擴大森林碳吸存效益；(2) 推動老化竹林更新，活化竹林碳吸存能力等2項工作，藉由移除外來入侵種，釋出原生植物生長空間，以進行復育造林，規劃串起生產、加工、研發及應用到銷售之產業鏈，以提升竹林經營誘因。
3. 提升國產材利用：我國木材自給率僅約為1%。在生產面將以成立合作社之形式擴大生產規模及降低成本，在市場面積極協助國產材之運用與行銷，並開發更多元且生活化之產品，透過運用市場機制重啟林業產業，鼓勵在地生產者強化人工林之更新速率，以支持減緩氣候變遷行動。
4. 強化森林碳匯相關技術科技研發能量：以科學方法量化及發展監測體系追蹤經營之碳匯成效及動態變化，以及發展林產加工技術提升碳保存效益，促進林產業振興發展。
(二)土壤碳匯
土壤碳匯推動以「強化土壤管理方式」、「建構負碳農法」及「強化土壤碳匯相關技術科技研發能量」為土壤碳匯路徑之推動策略架構，預計2030年目標達碳吸存25.95萬公噸CO2當量/年，其策略措施說明如下：
強化土壤管理方式：據農業部說明，土壤有機質約含有5成碳，當有機質分解形成腐植質，需要數百年才能分解，因此土壤是陸域系統中最大碳匯，為將碳保存在土壤中，土壤管理策略，包含：(1)以增加土壤有機質為目標；(2)建立碳儲量之評估基準與分析技術及建置碳儲潛力分區圖；(3)土壤碳匯符合可監測、報告及驗證機制等3項，建立有效土壤管理技術，增加碳匯之潛力地區，進行農耕地碳含量盤查、量測及監測，盤點及建立土壤碳匯資料，發展土壤碳匯及碳儲潛力空間分析及估算技術、發展快速及非破壞性土壤有機碳分析方法、發展土壤碳匯預測模式及建立我國內碳匯驗證機制等，以達成負碳目標。
建構負碳農法：負碳農法係以確保糧食安全為前提，調整農耕方法，提高土壤碳封存效益，預計推動：(1)推廣具負碳功能作物或品種；(2)推動作物負碳之栽培技術；(3)推廣農業剩餘資源再利用及適用微生物，增加土壤有機質等3項，推動作物負碳之栽培技術(推廣果園草生栽培、推廣溫網室設施少整地栽培、推動不整地栽培、有機及友善環境耕作)，開發增進農業剩餘資材再利用微生物及開發具固碳功能微生物，以增加土壤碳匯效益。
3. 強化土壤碳匯相關技術科技研發能量：預計推動：(1)強化土壤管理方式；(2)建構推動負碳農法；(3)開發土壤生物資源等3項，建立土壤碳儲量之評估基準與分析技術評估及調整作物耕作模式及作物種類之碳匯貢獻度，研發適合農業副產物及具固碳能力之土壤微生物，以促進農業副產物再利用。
(三)海洋碳匯
據海洋委員會說明，目前國外對海洋碳匯量測標準較欠缺相關資料，且國內過去亦少有碳匯研究與基礎資料，預計透過相關部會分工合作，以「強化海洋及濕地碳匯管理」及「強化海洋碳匯相關技術科技研發能量」為海洋碳匯路徑之推動策略架構，預計2030年目標達碳吸存34萬公噸CO2當量/年，其策略措施說明如下：
1. 強化海洋及濕地碳匯管理：包含(1)推動具碳匯效益海域及濕地棲地保育與管理；(2)建立海洋碳匯方法學等2項措施，盤點我國海洋碳匯調查潛力點，優化管理措施，建立海洋及濕地量測方法與本土碳匯係數，以建立海洋碳匯基線等。
2. 強化海洋碳匯相關技術科技研發能量：包含(1)海洋碳匯技術及效益評估；(2)建立海洋及濕地保育方法學等2項，調查臺灣周邊海域碳匯生態系基礎資料及建立效益評估模式，建構我國海洋及濕地適用復育方法學，以供後續養護管理應用。
圖2-1 2030年三大碳匯目標圖
資料來源：農業部，自然碳匯社會溝通會議簡報，2022年11月18日。