「改善政府動物管制收容設施計畫」(以下簡稱動物收容設施計畫)係農委會依動物保護法(以下簡稱動保法)第14條第1項及第3項規定，自103年度起編列預算補助全臺21個縣市政府(臺北市除外)辦理改善公立動物收容設施及動物管制設備專業化，計畫期程103至107年度，總經費15億8,010萬元(中央與地方政府分別負擔12億3,180萬元及3億4,830萬元)，迄至106年度農委會業編列預算8億4,891萬2千元。
動物收容設施計畫自103年度實施以來，各縣市政府多有因新建用地取得困難、工程案多次招標流標或撤案等因素致預算執行不佳，例如104年度法定預算2億3,750萬元加計103年度保留數2,429萬6千元後當年度可用預算數2億6,179萬6千元，然當年度實支數僅8,346萬6千元、應付未付數197萬元(含應付數執行率32.63%)，尚有保留款1億721萬1千元及賸餘數6,914萬9千元(詳附表1)，惟農委會於匡列後續年度預算時未審酌實際執行情況，致在105及106年度法定預算連續2年流出下，迄至106年底仍有累計保留款2億3,229萬元及賸餘數2億899萬9千元(兩者合計占累計法定預算數8億4,891萬2千元之51.98%)，預算編列容欠核實。
附表1：103至106年度「改善政府動物管制收容設施計畫」之預算執行概況表 單位：新台幣千元
年度
可支用預算數
決算數
年度預算數
流用數
以前年度保留數
合計
實支數
應付未付數
保留數
賸餘數
合計
103
28,500
-
-
28,500
3,772
-
24,296
432
28,500
104
237,500
-
24,296
261,796
83,466
1,970
107,211
69,149
261,796
105
288,000
-10,614
109,181
386,567
120,099
5,872
185,282
75,314
386,567
106
294,912
-10,894
191,154
475,172
150,760
28,018
232,290
64,104
475,172
103-106合計
848,912
-21,508
-
827,404
358,097
28,018
232,290
208,999
827,404
※註：1.資料來源，農委會提供。
2.表列年度預算數均為法定預算、決算數為決算審定數；「103-106合計」欄中僅年度預算數、流用數、實支數及賸餘數為各年度加總，餘為迄至106年底之概況。
綜上，囿於動物收容處所係屬鄰避設施，爰動物收容設施計畫自103年執行以來，多有執行進度未如預期情況，惟農委會於匡列預算時未審酌實際執行情況，致迄106年底累計法定預算扣除流出後尚有2.32億元保留數待執行及2.09億元之賸餘款，該會允宜督促各縣市政府嚴加控管執行進度，俾期各項補助工程能如質如期完工，並強化預算籌編工作，期使政府有限之財政資源得以發揮最大效益。